NEB方法计算离子扩散路径和能垒(过渡态的计算)

第一步:
先搭建初末态结构,如要算Li在LiAg表面的扩散路径,先在Materials Project中找到LiAg的结构并导出.cif文件,然后导入到ms中,发现是一个体心立方,建3x3x3的超胞(因为原胞是体心立方结构,不能直接挖掉一个Li原子),然后导入vesta中进行后续操作。
如算下图中2号Li原子跳到1号空位:
在这里插入图片描述

初态结构:在完整的超胞中删掉1号Li原子(一定要注意挖出原子的序号,并记下其xyz坐标);
末态结构:然后在原始完整的超胞中,删掉1号原子,把2号原子的xyz坐标改成刚记下来的xyz;
初末态结构文件夹分别命名为ini,fin;放入其它三个输入文件,即两个文件夹只有POSCAR不同。两个文件夹分别进行结构优化。

第二步:
插点。插入的点相当于离子扩散的一个个位置,即最后可以通过这一个个的点大致看出离子的扩散路径。插点的个数看NEB计算步骤文档。插点后会生成几个文件夹,里面只有POSCAR文件,INCAR文件中需要加入NEB计算参数(得看min NEB计算步骤文档和大师兄教程来设置)。
插点后生成的几个文件都只有POSCAR,可以一个个导出来放进vesta里,检查扩散路径是否正确;如不正确,则是初末态结构原子序号和坐标设置错了。
第三步:
将生成的文件夹和KPOINTS,POTCAR及INCAR文件一起再进行结构优化(在超算中涉及到新的脚本就是这一步结构优化提交任务的脚本)。

在neb计算过程中一定要注意原子的序号,vesta不会自动识别,如果不对应清楚的话,离子的扩散路径就会有问题。

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