画离子扩散路径图

画离子扩散路径图只需要vesta和插点后生成的POSCAR。

用neb方法插点后会生成几个文件夹（中间态），里面有POSCAR文件，依次按顺序将POSCAR导入vesta中，会发现离子大致的扩散路径，要注意：如挖掉了7号Li原子（初态结构），然后旁边的8号Li原子慢慢扩散移动到原7号Li原子的位置上，末态结构是原8号位置没有Li原子，原7号位置上有Li原子。

画离子扩散路径图需要手动把所有中间态的POSCAR都放到一个POSCAR里，注意：不是用cat命令整合所有的POSCAR，而是只把迁移原子的xyz坐标复制到一个POSCAR里。

具体操作过程：
打开原始的完整晶胞结构的POSCAR，然后在第六、七行加上移动原子名称和个数，再在坐标的后面加上迁移原子的坐标。
例如算Li在LiAg的扩散路径，假设我们是认为8号原子扩散到了原7号原子的位置上，可以认为运动的就是8号原子，即插点后生成了00-04五个文件夹，就是8号原子的运动路径。打开最初的完整晶胞结构的POSCAR（原），在第六行加上“Li”，在第七行加上数字“5”，然后依次打开00-04文件夹的POSCAR，找到8号原子的xyz坐标（一行数据），复制到POSCAR（原）的坐标后面。

后面的坐标对应着第6、7行的原子名称和数目，即前面27个坐标是Li原子，再27个坐标是Ag原子，最后5个坐标是Li原子。
最后把这个新的POSCAR导入到vesta里就可以看到离子的扩散路径了。