enumerate structures

处理部分占据的另一个方法:

https://matgenb.materialsvirtuallab.org/2013/01/01/Ordering-Disordered-Structures.html

Using the EnumerateStructureTransformation:

首先需要安装enumlib,教程:

https://github.com/msg-byu/enumlib/blob/master/README.md

在COMPILING THE CODE部分,因为我的是windows系统,在黑匣子里面输入代码后,找不到enum.x文件,后来就在虚拟机里面安装了,Linux和OSX系统安装方便些。因为之前我的虚拟机没有安装conda,python,后来都重新安装了,安装过程的报错基本都可以百度得到解决方法。

from pymatgen.transformations.advanced_transformations import EnumerateStructureTransformation
specie = {"Cu": 0.5, "Au": 0.5}
cuau = Structure.from_spacegroup("Fm-3m", Lattice.cubic(3.677), [specie], [[0, 0, 0]])

trans = EnumerateStructureTransformation(max_cell_size=3) #这里max_cell_size=3跟在前面建个3x1x1的超胞效果一样
ss = trans.apply_transformation(cuau, return_ranked_list=1000)
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要计算不同结构POSCAR类型文件之间的相似性,可以使用结构比较算法,如RMSD和SSRMSD等。这些算法可以计算两个结构之间的坐标差异,从而衡量它们的相似性。 以下是一个使用RMSD算法比较两个POSCAR文件的示例代码: ```python import numpy as np from pymatgen import Structure from pymatgen.analysis.structure_matcher import StructureMatcher # 读取两个POSCAR文件 structure1 = Structure.from_file('POSCAR1') structure2 = Structure.from_file('POSCAR2') # 初始化结构比较器 matcher = StructureMatcher() # 判断两个结构是否相似 if matcher.fit(structure1, structure2): # 计算RMSD rmsd = matcher.get_rmsd() print('两个结构相似,RMSD为{}'.format(rmsd)) else: print('两个结构不相似') ``` 这段代码使用了pymatgen模块中的Structure和StructureMatcher类,可以方便地读取和比较结构。如果两个结构相似,就会计算它们之间的RMSD值并输出;否则,就会输出不相似的信息。 要对结构进行分类,可以使用聚类算法,如KMeans和DBSCAN等。这些算法可以将结构分成不同的组,每组中的结构具有相似的特征。 以下是一个使用KMeans算法对一组POSCAR文件进行聚类的示例代码: ```python import numpy as np from pymatgen import Structure from pymatgen.analysis.structure_matcher import StructureMatcher from sklearn.cluster import KMeans # 读取一组POSCAR文件 structures = [] for i in range(10): structure = Structure.from_file('POSCAR{}'.format(i)) structures.append(structure) # 初始化结构比较器 matcher = StructureMatcher() # 计算结构之间的相似性 similarity_matrix = np.zeros((len(structures), len(structures))) for i, s1 in enumerate(structures): for j, s2 in enumerate(structures): if matcher.fit(s1, s2): similarity_matrix[i, j] = matcher.get_rmsd() # 使用KMeans算法进行聚类 kmeans = KMeans(n_clusters=3) labels = kmeans.fit_predict(similarity_matrix) # 输出聚类结果 for i in range(len(structures)): print('POSCAR{}属于第{}类'.format(i, labels[i])) ``` 这段代码先读取一组POSCAR文件,然后计算它们之间的相似性矩阵。接着使用KMeans算法对相似性矩阵进行聚类,并输出聚类结果。在这个示例中,我们假设有3个类别,聚类算法将这组结构分成3类,并输出每个结构所属的类别。

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