10X空间转录组之WGCNA的运用

hello，新的一周，周二了，今天来分享一下空间转录组WGCNA的用法，关于WGCNA已经分享了很多了，大家可以参考下面的文章：

10X单细胞（10X空间转录组）做WGCNA分析的智慧

10X单细胞WGCNA分析联合10X空间转录组WGCNA分析

10X单细胞scvelo分析速率和WGCNA分析共表达模块

关于WGCNA基础分析的内容，网上很多，大家可以自行查阅。

简单回顾一下，单细胞做WGCNA的基础在于The top 3,000 variable genes were selected to identify gene modules and network construction

加权基因共表达网络分析 (WGCNA) 突出显示了两个网络（绿色、黄色），其中包含与plaque intensity（这里就是目标细胞类型的空间分布）负相关的离子通道和突触传递相关基因，以及两个正相关的网络（洋红色、红色）。 将magenta网络称为“小胶质细胞激活模块”，因为它几乎完全映射到的 scRNAseq 数据库中的小胶质细胞，富含 DAM 基因，并与与突触修剪、神经元凋亡和小胶质细胞激活相关的基因GO terms相关联。 相比之下，红色的“脂质、少突胶质细胞反应性”模块主要映射到少突胶质细胞，并包括脂蛋白转运、髓鞘和神经胶质反应性的标志物。

这个地方需要注意几点

1、模块的生物学功能，几乎做WGCNA分析的都会研究每个网络的生物学功能
2、每个网络与单细胞数据的关系（这里是映射）。
3、模块与目标分析的相关性（这里主要是空间位置）

d) 模块特征基因 (ME) 与amyloid plaque intensity之间的相关性。 热图中的值是皮尔逊相关系数，星号表示显著相关：*p < 0.05； * * * p < 0.001。 具有正值（红色）的模块表示 ME 与斑块强度正相关，具有负值（绿色）的模块表示负相关。 E) 在品红色（顶部）和红色（底部）模块中具有最高模块内连接性（中心基因）的前 10 个基因的网络图。 f) UMAP 将模块基因列表 (sum) 的映射表达映射回 scRNAseq 数据集。 g) 与洋红色或红色模块相关的前 5 个基因本体术语。（这几个展示方式大家可以学一学）

网络的空间映射

Spatial expression of PIG (left) and OLIG (right) gene lists.至于其中的分数，AUC计算出来的，当然了，可以使用GSVA打分。

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