时空多样本聚类分析导论

作者，追风少年i

周四了，有同学结婚，送上祝福，如果女娲造人的时候也给我捏了个对象，那也祝福我们，没有那算了。

今天我们来分享时空多样本聚类分析导论，关于多样本聚类分析，单细胞数据是很常见的手段，不同的群代表了不同的细胞类型，依据经典的marker gene可以定义每个cluster，无论是单核还是单细胞，分析注释的结果图类似下图：

单细胞注释

那么我们来讨论关于空间转录组的聚类结果，空间转录组最开始分析的时候几乎完全按照单细胞的思路，把每个spot当成单细胞数据分析的每个细胞，二维坐标一般不使用TSNE和UMAP，空间本身的坐标就是最好的诠释，如下图：

空间聚类

按照单细胞的思路，每个群代表了一种细胞类型，最开始有老师这么做，没有一个可以成功，因为本身每个spot含有多个细胞，组织作为一个混合统一体，细胞之间是一种相互混合的状态，所以不可能按照这个思路来分析空间的聚类信息。

当然了各个软件的官网也只是相互借鉴，简单的展示了空间的降维聚类的分析结果，例如Seurat，给出了空间的聚类结果信息：

空间聚类

但是Seurat并没有过多的解释什么，没有说明每个聚类代表了什么，当然作者也知道不可能代表了某种细胞类型，所以在教程中写入了单细胞空间联合分析的方法与结果，表征每种细胞类型在空间上的分布，如下图：<