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生物信息学
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生物信息学知识
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Bio-Info每日一题:Rosalind-07-Mendel‘s First Law(孟德尔第一定律 python实现)
🎉 进入生物信息学的世界,与Rosalind一起探索吧!🧬Rosalind是一个在线平台,专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战,帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士,Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会。你是否想像专业人士一样分析DNA序列?这里有一个简单的任务来帮助你入门。📝这个题目是要你计算在一群具有不同基因型的个体中,两两随机交配后,后代中表现显性性状的概率。原创 2024-06-16 15:00:32 · 535 阅读 · 0 评论 -
Bio-Info每日一题:Rosalind-06-Counting Point Mutations
Rosalind是一个在线平台,专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战,帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士,Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会。(英语:Hamming distance)是两个字符串对应位置的不同字符的个数。换句话说,它就是将一个字符串变换成另外一个字符串所需要替换的字符个数。你是否想像专业人士一样分析DNA序列?这里有一个简单的任务来帮助你入门。🎉 进入生物信息学的世界,与Rosalind一起探索吧!原创 2024-06-10 20:56:31 · 251 阅读 · 0 评论 -
Bio-Info每日一题:Rosalind-05-Computing GC Content
🎉 进入生物信息学的世界,与Rosalind一起探索吧!🧬Rosalind是一个在线平台,专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战,帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士,Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会。你是否想像专业人士一样分析DNA序列?这里有一个简单的任务来帮助你入门。📝。原创 2024-06-09 18:55:01 · 322 阅读 · 0 评论 -
Bio-Info 每日一题:Rosalind-04-Rabbits and Recurrence Relations
🎉 进入生物信息学的世界,与Rosalind一起探索吧!🧬Rosalind是一个在线平台,专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战,帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士,Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会。你是否想像专业人士一样分析DNA序列?这里有一个简单的任务来帮助你入门。📝。原创 2024-06-08 23:03:00 · 970 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq标准化
因此下游分析由counts计算RPKM、 FPKM这两者的公式完全一致。原创 2024-06-07 12:30:32 · 869 阅读 · 0 评论 -
Bio每日一题:Rosalind-03-Complementing a Strand of DNA
在解决生物信息学问题时,使用基础Python代码可以帮助你理解序列操作的基本原理,而借助BioPython等专业库可以大大简化代码,提升效率。根据具体情况选择合适的方法,让你的DNA序列分析更高效、更专业!加入Rosalind,开始你的生物信息学探索之旅吧!纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行。原创 2024-06-07 12:13:27 · 390 阅读 · 0 评论 -
生信-VCF小知识
记录个体或群体突变的文件格式,是变异结果存储的标准格式,一般多用于单核苷酸变异或小片段的插入缺失的结果记录。此外也可存储其他变异形式,如CNV、SV等。SNV 是基因组上单个位置的替换。|比如,在参考基因组上记录为 A ,通过检测,某个体由于个体差异或突变,在相同位置变异为C。Indel是指插入或缺失,例如在参考基因组上,某位置为ATCCA,在个体基因组上为ACA(中间位置的TC缺失),则记为A–CA,该位置为deletion。原创 2024-06-06 11:15:14 · 970 阅读 · 0 评论 -
Bio每日一题Rosalind-02-Transcribing DNA into RNA
🎉 进入生物信息学的世界,与Rosalind一起探索吧!🧬Rosalind是一个在线平台,专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战,帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士,Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会原创 2024-06-06 11:17:39 · 728 阅读 · 0 评论 -
Bio每日一题Rosalind-01-Counting DNA Nucleotides
🎉 进入生物信息学的世界,与Rosalind一起探索吧!🧬Rosalind是一个在线平台,专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战,帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士,Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会。你是否想像专业人士一样分析DNA序列?这里有一个简单的任务来帮助你入门。我们的第一个挑战:“计数DNA核苷酸” 📊📝给定一个DNA字符串,统计每种核苷酸(A、C、G、T)的出现次数。原创 2024-06-05 20:31:13 · 384 阅读 · 0 评论 -
生信基础-wsl+conda+mamba
接触生信也有一段时间了,从一窍不通到现在(二窍不通),中间踩了不少坑。想了想还是写一本简单的入门教程,既能记录自己的学习历程,也能帮助到大家。 之后尽量每天写一小段!!!!!原创 2023-11-23 18:32:59 · 1699 阅读 · 0 评论 -
GSEA条形码看基因富集?!
R语言GSEA富集分析原创 2023-08-05 10:00:00 · 234 阅读 · 1 评论 -
RNA-seq(一)
RNA-seq(RNA sequencing)是一种基于二代测序技术(Next-Generation Sequencing, NGS)研究转录组学的方法,能够快速获取给定时刻的某一基因组中RNA的种类和数量,从而实现定性与定量分析。随着二代测序技术的发展,RNA-seq的应用场景也不断拓展,在生物学和临床医学等领域都有广泛应用。如今,RNA-seq在诊断、预后和治疗各种疾病(包括癌症和传染病)的应用中具有广阔前景。原创 2023-07-16 16:57:20 · 526 阅读 · 1 评论 -
提取基因组中的内含子、外显子以及基因间区
提取基因组中的内含子、外显子以及基因间区原创 2022-10-21 10:21:33 · 10524 阅读 · 3 评论 -
拆分bam统计clean reads长度
拆分bam统计clean reads长度原创 2023-02-23 23:52:10 · 954 阅读 · 0 评论