GSEA条形码看基因富集？！

GSEA介绍

GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）：基因集富集分析，由Broad Institute研究所提出的一种富集方法，同时还提供对应的分析软件GSEA和一个基因集数据库MSigdb。
GSEA分析与常规的GO和KEGG富集分析类似但有所不同。常规富集分析更加依赖差异基因（DEseq2等工具处理之后根据log2FC筛选上/下调基因），是对一部分基因的分析 (忽略差异不显著的基因)，而GSEA是从全体基因的表达矩阵中找出具有协同的基因集，能够兼顾差异较小的基因。

使用R包进行GSEA分析

这里使用的是Y叔的clusterProfiler包对于GSEA分析有好几种，下面主要介绍GSEA()函数的用法。对于gseGO()和gseKEGG()这些命令用法，我的理解是这些命令是搭配标准的注释库，而GSEA()可以指定用于富集的基因集或是通路。

准备

进行GSEA分析，需要准备：

1. Gene List：来自DEseq2等工具进行差异表达分析后的数据，包含两列，第一列为Gene symbol，第二列为log2FoldChange，且已将该list按照log2FoldChange从大到小降序排列。
2. R包：clusterProfiler,org.Hs.eg.db,enrichplot， ggplot2包
3. 注释文件，如果是使用GSEA()函数，则需要下载GSEA官网提供的注释文件。自行选择对应数据集，这里对基因进行富集，选择C5。
   
   根据Gene Symbol和Entre Gene ID注释的文件等供以选择，在此我们选择下载的是
   

分析

安装R包

###未安装，运行以下代码即可
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")
BiocManager::install("org.Hs.eg.db")
BiocManager::install("enrichplot")
install.packages("ggplot2")
#####导入R包
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
library(enrichplot)
library(ggplot)

读入数据

#读入注释文件
c5bp_gmt <- read.gmt("D:\\000zyf\\work\\01cfRNA\\01hill\\analysis\\04GSEA/annotation\\c5.go.bp.v2023.1.Hs.entrez.gmt")

#import DEseq2 results
T1_T5_diffgene<-read.csv("D:\\000zyf\\work\\01cfRNA\\01hill\\analysis\\gsea\\T1_T5_all_diff_exp_gene.rnk",sep='\t',header = F)
#原来的文件没有表头，需要加上表头
names(T1_T5_diffgene)<-c("SYMBOL","log2FC")
在这里读入gene list，如上述那样，第一列是基因名称，第二列是log2foldchange值，且已降序排列。

由于我们下载的注释文件是依据ENTREZ ID进行注释的，所以这里需要我们将Gene symbol转换为ENTREZ ID。

####gene symbol转换为entrez id
symbol2entrezid<-bitr(T1_T5_diffgene$SYMBOL,fromType = "SYMBOL",toType = "ENTREZID",OrgDb = org.Hs.eg.db)
df1 <- merge(T1_T5_diffgene, symbol2entrezid, by = "SYMBOL")
df2 <- df1[order(df1$log2FC, decreasing = T), ]
genelist <- df2$log2FC
names(genelist) <- df2$ENTREZID
####使用GSEA函数进行分析
gsea_T1_T5bp <- GSEA(genelist, TERM2GENE = c5bp_gmt, pvalueCutoff = 0.05, pAdjustMethod = "BH")

绘图

dotplot(gsea_T1_T5bp)
gseaplot2(gsea_T1_T5bp, title = "T1_T5_test", 1, pvalue_table = T, base_size = 12)
gseaplot2(gsea_T1_T5bp, title = "T1_T5_bp_1", 1:3, pvalue_table = T, base_size = 12)## 1:3绘制gsea_T1_T5bp前三个结果

参考：

1. clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative study
2. 富集分析：（三）clusterProfiler概述
3. GSEA富集分析+R分析+多类美化工具
4. 基因集富集分析（GSEA）简介)