SimpleITK resampler重采样时origin的变换计算

该代码是根据输入文件的origin，spacing，size，direction和目标文件的spacing，size，direction计算出目标文件的origin。目的是显示图像时，图像在中间。读者应先了解医学图像和SimpleITK，参考链接为Fundamental Concepts — SimpleITK 2.0rc2 documentation。代码如下：

def resize_image_itk(input_file, output_file, interpolator=sitk.sitkNearestNeighbor):
    img = sitk.ReadImage(input_file)
    # 原始图像数据
    origin = img.GetOrigin()     # 原origin:[86.09500122070312, 126.51000213623047, -68.25]
    spacing = img.GetSpacing()  # [1.0, 1.0, 1.0]
    size = img.GetSize()    # [172, 220, 156]
    direction = img.GetDirection() # 原Direction:[-1.0, 0.0, 0.0, 0.0, -1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0]

    # 新文件想要保存的数据
    newSize = [256, 256, 256]
    newSpacing = [1.0, 1.0, 1.0]
    newdirection = [1.0, 0.0, 0.0, 0.0, -0.0, -1.0, 0.0, -1.0, 0.0]

    # 计算origin_shift（由newSize和newSpacing引起）：[42.0, 18.0, 50.0]
    origin_shift = [(size[dim] * spacing[dim]-newSize[dim] * newSpacing[dim]) / 2 for dim in range(3)]

    # 判断是各个维度的的origin_shift是+/-[42, 18, -50]
    arr_direction = np.array(direction).reshape(3, 3)
    shift = arr_direction.dot(origin_shift)
    trans_origin = [x + y for x, y in zip(origin, shift)]

    # 解决由Direction引起的origin变化
    # 计算图像中心，中心不会变
    shift = np.array(newSize)/2
    # 通过方向余弦矩阵与shift相乘得物理坐标系的偏移
    center_physical = arr_direction.dot(shift) + trans_origin
    # 中心在任何方向余弦矩阵的坐标系的坐标都是（128,128,128）,映射回实际坐标系（物理坐标系，但原点是该方向余弦矩阵的坐标系）得到偏移
    # 结果为[-127.90499877929688, 144.510009765625, 137.75]
    arr_newdirection = np.array(newdirection).reshape(3, 3)
    new_origin = center_physical -arr_newdirection.dot(shift)

    # 创建重采样器对象
    resampler = sitk.ResampleImageFilter()
    resampler.SetSize(newSize)
    resampler.SetOutputSpacing(newSpacing)
    resampler.SetOutputDirection(newdirection)
    resampler.SetOutputOrigin(new_origin)
    resampler.SetOutputPixelType(sitk.sitkUInt8)
    resampler.SetTransform(sitk.Transform(3, sitk.sitkIdentity))
    resampler.SetInterpolator(interpolator)
    resampler.SetDefaultPixelValue(0)

    # 将图像重采样到新的尺寸
    resampled_img = resampler.Execute(img)
    # 保存新图像
    sitk.WriteImage(resampled_img, output_file)