时间序列基因表达谱分析工具——STEM

       上一期“【R语言】——基因/蛋白质表达趋势分析”介绍了如何使用R Mfuzz包对不同时间阶段的基因/蛋白质表达进行趋势分析。本期给大家带来一种新的便捷的基因表达趋势分析方法——STEM

      STEM（Short Time-series Expression Miner），是一种专门为短时间序列基因表达数据分析而设计的Java程序，具有简捷且方便操作的特点。主要应用于聚类、比较和可视化短时间序列的基因表达数据（3-8个时间点数据），可精确、直观地筛选出与这些表达谱相关的基因，并比较不同条件下这些基因的表达趋势。此外，STEM完整地整合了GO数据库，可对具有相同时间表达谱的基因集做GO（Gene Ontology）富集分析。聚类群筛选标准默认为P<0.05。