从GEO数据库下载数据总结

寻找生物数据

GEO数据搜索引擎的使用：在搜索框中，输入疾病、组织等信息之后，GEO展示相对应的信息。这些信息能否可用以及搜索技巧可参考如何使用 GEO 数据库，以及怎样筛选适合自己的数据集 - 知乎

GEO数据的下载：搜寻得到的数据页面里面包含的有平台（GPL）、样本（GSM）以及综合数据（GSE)。下载所需的数据文件为matrix.txt文件，使用的数据分析软件为R语言，函数为getGEO()。

下载文章中GSE编号对应数据

若GSE编号对应的matrix.txt文件中，作者已经上传了基因表达量等等信息，此时可以直接使用getGEO（）进行下载。在这种情况下，还存在一个分析文件夹中，存在来自多个GPL的样本。这种情况的信息处理参考一个GSE有两个GPL该怎么办 - 简书

若GSE编号中的matrix.txt文件中，不存在基因表达的信息。此时需要读取supplement 里面的文件。本人选取的文件GSEXXX.RAW.GZ，此压缩文件夹中包含有该实验的多个样本信息。对于这种文件，使用python里面的pd.read_csv()函数即可完成读取，切记使用函数时传入参数seq=\t。