GEO数据下载

本文详细介绍了GEO数据的检索方式,区分了GEOProfiles(基因表达谱)和GEODataSets(实验数据集)的概念,以及Series(系列数据集)、Samples(样本数据)和Platform(平台信息)的含义。重点讲解了如何从Series页面下载人体数组表达式和甲状腺癌数据,以及Platform和Samples数据的下载选项。
摘要由CSDN通过智能技术生成

目录

1、GEO数据检索:

2、GEO数据类型

3、数据下载

①Series页面下载:


1、GEO数据检索:

GEO Profiles以基因为单位,存储基因在数据集中的表达谱;

GEO DataSets以数据集为单位,储存同一个实验中的数据。

2、GEO数据类型

①Series数据集:将构成某个实验的相关样本集中到一个有生物意义的数据集,包括实验设计、描述、组别和样本等信息以及检测数据文件,以“GSE”开头,如GSE5764

②Samples样本:指实验中的样本,包括样本名称、类型、样本处理方案等信息及样本对应的检测数据,每个样本分配一个编号,以 “GSM”开头,如GSM134584

③Platform平台:指高通量实验检测所用的工具(哪个公司的哪一款产品),包括平台名称、描述、阵列注释等信息和文件,不同研究 者做的不同实验有可能使用的是同一种平台,平台的编号以“GPL”开头,如GPL570

3、数据下载

①Series页面下载:

 首页-Series-筛选人体,数组表达式、甲状腺癌

(1) Series数据下载

(2)Platform数据下载

(3)Samples数据下载(可选择若干个单独下载)

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