weixin_58269397的博客

进行糖类活性酶的注释，在这一过程中，序列特征谱作为搜索的目标，而包含各真菌蛋白质组序列的文件作为搜索对象。软件进行序列的鉴定。初步得到的微管蛋白序列通过系统发育分析方法进行家族分类。将包含各糖类活性酶家族的隐马尔科夫序列特征谱下载自。软件包对蛋白家族的基因数量进行分类统计，得到。）数据库鉴定同源域转录因子基因（的XP_003038723.1。的XP_006454075.1。的XP_001829147.2。用于鉴定线粒体中间肽酶基因（CAT数据库的数量矩阵。则用于鉴定β侧翼基因（数据库进行比对，选用。

【代码】给序列去除 * 号。

JJH方法。

againstMEROPS).).下载界面具体内容如下下载数据，使用ctrl+A（全选）和 ctrl+D（保存）选用pepunit.lib.fasta在进行序列比对前，首先需要。报错内容：解决措施：删除氨基酸序列中的点或把点替换为X（未知氨基酸），sed -i '/^>/!

从NCBI下载的只有fna和gbff文件需要得到*.genome.gff3。

对于完整的基因组，运行ClusterBlast、 KnownClusterBlast、SubClusterBlast、ActiveSiteFinder, TTA codon detection 、自动模式下的TTA密码子检测、次级代谢物簇同源组预测和特定簇的详细注释采用如下参数（参数，antiSMASH 使用 blastp 来将氨基酸序列比对到已知的次级代谢 clusters 或 subclusters 上，来寻找 query 序列中的基因簇。可以同时上传*.genome.fasta和*.genome.

新建文件夹需要interpro5.tsv。

再者，如果使用的是ensembl ID，则需要注意统一使用Transcript ID或Gene ID）。保留所有信息，包括Gene ID对应上的每一个KO Number，比对分数，E-value以及KO Number的详细信息等。：需要保持ID的一致性，否则注释不出结果（例如拿来做注释的往往是蛋白序列，一般会包括可变性剪切的标识符AT4G36920.1。需要填写邮箱信息，在网页中提交后需要再进入邮箱，点击邮件中的提交链接，才能开始计算。注释完毕后，从填写的邮箱中进入注释完毕后的网页，下载注释结果。

.将PHI数据库下载下来本地blast，需要先填资料，填完之后即可下载至本地，使用blast进行比对。

interproscan 是个基因注释工具，可以一次运行实现多个数据库的注释。用户既可以提交蛋白序列也可以提交核酸序列，还可以对输出格式进行设置。优点：使用本地化的数据库，在断网和计算机资源充足的情况下，能加快注释速度；本地化网页版能同时比对多条序列；本地化能对DNA序列进行interpro注释。缺点：本地化安装InterProScan比较复杂耗时；需要不时更新本地数据库；本地化运行耗费计算资源大。

SignalP批量操作TMHMM1）批量操作2）批量操作3）结果保存在$i.candidate_secreted_proteins_results.txt批量操作PredGPT将candidate_secreted_proteins.fasta分成candidate_secreted_proteins1.fasta和candidate_secreted_proteins2.fasta等多个文件。结果文件是fasta格式文件，其头部包含结果信息。取阈值FDR 0.5%。