基因组结构注释
文章平均质量分 72
Xsisikk
这个作者很懒,什么都没留下…
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gene prediction commend 2
获得一个不包含基因组序列的gff3 文件:rnd5.all.gff,以及一系列蛋白质和转录组fasta 文件。cd ..原创 2023-04-13 17:46:46 · 249 阅读 · 0 评论 -
gene prediction commend 3
用于后续并行. 为了降低内存消耗,–segmentsSize设置的大小需要少于1Mb(这里是100k), --overlapSize的不能太小,如果数学好,可用设置成基因平均长度加上2个标准差,数学不好,就设置成10K吧。原创 2023-04-14 12:23:25 · 352 阅读 · 0 评论 -
Gene Prediction Commend 01
输出:out.filter1.gff3去冗余后的基因模型,out.filter2.gff3完整的基因模型,可用于ab initio基因预测软件的HMM training。结果:5_1210_db.assemblies.fasta.transdecoder.genome.gff3。统计结果在seqcl_transcripts.fasta.log。得到yc.transcripts.fasta。最终得到Trinity-GG.fasta文件。最终得到Trinity.fasta文件。得到merged.gtf。原创 2023-03-29 17:06:11 · 200 阅读 · 0 评论