20231115单细胞测序学习记录

上午

1，下载数据，看扩展名，导入R，看数据是什么类型的，包括哪些方面的信息，可以用data[1:4,1:4]来看具体的数据内容。

2，细胞类型注释

安装SingleR 

# 没有安装BiocManager的先安装这个
# install.packages("BiocManager")

# 安装SingleR
# BiocManager::install("SingleR")
# Seurat也是从这里安装的。

下载注释数据包

# 如果有提示需要celldex包的，下载方式如下：
# BiocManager::install('celldex')

# 下载注释的数据包
hpca.se <- HumanPrimaryCellAtlasData()

 下载这步需要联网，在服务器上偶尔能连接到，在我自己的电脑上根本连不到，所以可以用下面这种方式：(1)在服务器上下载好数据文件，是SummarizedExperiment类型的，保存成.Rdata文件（存到自己知道的路径下）；(2)从服务器上下载到自己的电脑上，同样记得保存到自己知道的地方；（3）用的时候直接 refdata <- get(load('.../filename.Rdata')) 就相当于 refdata <- HumanPrimaryCellAtlasData()这条命令。

 并且鉴于联网有失败的可能性，所以下载下来直接用是一种稳妥的办法。

经过以上，成功注释到了。

下午

1，Linux系统里用路径最前面肯定是“/”开头，不然就报错“无法打开压缩文件...，可能是因为没有那个文件或目录”。

2，对于.Rdata，如果要用的话，可以load之后加get，然后赋给一个变量名，以后直接用变量名就可以了。读取及保存.Rdata和.rds的命令如下：

# 导入并使用.Rdata
data_name <- get(load('.../rdata_name.Rdata'))


# 保存为.Rdata
save(my_data,file='.../my_rdata.Rdata')
# 保存为.rds
saveRDS(my_data,file='.../my_rdsData.rds')

# 读取RDS文件就是readRDS('.../my_rdsData.rds')

 3，单细胞注释SingleR过程可以参考单细胞工具箱|singleR-单细胞类型自动注释（含数据版） - 知乎 (zhihu.com) 和 单细胞转录组基础分析四：细胞类型鉴定 (qq.com)

 按着文章里的步骤画出图了。

另，对于组合两个数据库作为参考的，画出的scores图（plotScoreHeatmap命令），可以通过调整scores.use和calls.use两个参数的值来控制画出来几个：

# 默认全画，包括combined和各个分量参考数据库的
plotScoreHeatmap(pbmc)

# 都等于0就是全用combined的值
plotScoreHeatmap(pbmc,scores.use=0,calls.use=0)

# 等于1，2之类的就是画第1，2个分量数据库的值，1:2就是画前两个库的。

晚上

1，规规矩矩画出来图，做PPT总结本周工作，整理思路。

2，一个关于scPred的问题

跑官网给的代码的时候，报错如下：

> query <- scPredict(query, reference)
●  Matching reference with new dataset...
	 ─ 2000 features present in reference loadings
	 ─ 2000 features shared between reference and new dataset
	 ─ 100% of features in the reference are present in new dataset
Error in `GetAssayData()`:
! `assay` must be one of "RNA", not "data".
Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.
> rlang::last_trace()
<error/rlang_error>
Error in `GetAssayData()`:
! `assay` must be one of "RNA", not "data".
---
Backtrace:
    ▆
 1. └─scPred::scPredict(query, reference)
 2.   └─scPred::project_query(...)
 3.     ├─SeuratObject::GetAssayData(new, "data")
 4.     └─SeuratObject:::GetAssayData.Seurat(assay = "data")
Run rlang::last_trace(drop = FALSE) to see 4 hidden frames.

 问了老师，原因可能是Seurat5的数据存储格式改了，所以用一个低版本的试一下吧。

安装历史版本的R包 - 简书 (jianshu.com) 参考这个链接里的可以安装旧版本的。

我用的：

require(devtools)
install_version("Seurat", version = "4.0.0", repos = "http://cran.us.r-project.org")

提示：“正在使用程序包，因此不会被安装 ”，那么只好关掉R，重新install了。

今日总结

明日提醒