20240309单细胞测序学习记录

上午

仔细看文献，还是要注意看文字的下标，能解决一部分由于“想当然”带来的问题。

下午

看文献，思考含义及应用。

1，乘法更新规则的推导：参考 非负矩阵分解（NMF）原理及算法实现 - 我们都是大好青年 - 博客园 (cnblogs.com) ，平方距离更新规则的推导：

KL散度相关的推导还没看。

2，R的并行计算：参考 R 语言并行计算 汇总 - 知乎 (zhihu.com) 。

并行计算的进度可视化：参考 【R】并行可视化 by 进度条_怎么看r语言是不是在跑代码-CSDN博客 。

3，了解独立成分分析(ICA)方法：参考 详解独立成分分析-CSDN博客 。

晚上

  Seurat的画图功能报错解决办法：

DimPlot, FeaturePlot 等函数全都报错 Errror in Ops.data.frame(guide_loc, panel_loc) : ‘==’ only defined for equally-sized data frames，参考 Seurat v5 Plotting Error · Issue #8587 · satijalab/seurat · GitHub 中的回答，只需安装版本合适的 ggplot2 包。

安装方式：（1）去 The Comprehensive R Archive Network (tsinghua.edu.cn) 网站直接搜索自己 R 版本下的相关包，可以在界面中使用 ctrl+F 并输入R包名称直接找到，下载压缩包之后，在R studio 中 Packages 区域选择 install ，如下图选择相应的方式，路径选择压缩包的路径。  （2）使用命令  

install.packages("C:/Users/.../ggplot2_3.4.2.zip", repos = NULL, type = "win.binary")

今日总结

明日提醒