PSSM处理

最新推荐文章于 2024-01-23 19:49:46 发布
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文章标签： python
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按照流程将每条氨基酸序列生成PSSM矩阵，并且每条氨基酸序列对应一个pssm文件。单个的文件怎么输入到分类器里呢，或者有什么方法可以把单个pssm文件整合起来呢

weixin_58641367
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蛋白质功能预测中PSSM矩阵的生成
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05-07 1万+
生成PSSM矩阵
PSSM矩阵（位置权重矩阵）
zjy1125的博客
05-18 8410
PSSM矩阵（位置权重矩阵） 定义 -参考维基百科 -同时参考这篇优秀的博客： http://www.nohup.cc/article/112/ 可以反映出每个位置上不同碱基出现的频率，矩阵每一列表示相应位置上碱基出现的频率。 构造PSSM的第一步：通过计算每个位置上每个碱基出现的次数来创建一个基本频率矩阵（PFM) 第二步：标准化，用每个位置的原核苷酸计数除以序列数。构建位置频率矩阵 给定一个长度为l的序列集合X (N), 第三步：构建位置比重矩阵 获得PSSM矩阵 参考了以下博客： -ht
PSSM(一)-什么是PSSM
only my railgun
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这里写自定义目录标题如何生成pssm矩阵1.安装psiblast软件2.添加数据库3.使用功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图...
获取PSSM蛋白质位置矩阵
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##python实现，pssm矩阵的构建过程，学习版
PSSM算法的HLSL源代码
08-05
它主要用于解决传统单张阴影贴图在处理远距离物体阴影时出现的锯齿和精度问题。PSSM通过将场景空间分成多个区域，并为每个区域生成独立的阴影贴图，从而提高了阴影的视觉质量。 **HLSL（High-Level Shader Language...
ABC.rar_ABC_PSSM ON EXCEL_PSSM matlab
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标题 "ABC.rar_ABC_PSSM ON EXCEL_PSSM matlab" 暗示了这是一个关于如何在Excel中提取PSSM（Position Specific Scoring Matrix）信息，并将其导入MATLAB进行处理的教程或资源包。PSSM是一种生物信息学中的矩阵模型，...
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传统的阴影贴图算法，尤其是并行分割的阴影贴图（Parallel Split Shadow Maps, PSSM），在处理大规模复杂环境的实时阴影时表现出较高的效率和通用性。然而，这些方法在处理动态场景时仍会出现锯齿现象，影响视觉效果...
基于GPU的光源空间平行分割阴影图算法.pdf
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传统的阴影计算方法如阴影贴图（Shadow Mapping）在处理复杂场景时会出现精度问题，特别是在远距离和大场景下。为了解决这些问题，平行分割阴影图算法（Parallel-Split Shadow Maps, PSSM）应运而生。然而，PSSM算法...
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1. **多参数比对**：AlignMe允许用户根据研究需求调整多种参数，包括但不限于置换矩阵（如BLOSUM系列）、位置特异性打分矩阵（PSSM）、疏水性标度。这些参数的选择直接影响到比对的准确性和可靠性，使研究者能更精细...
PSSM算法英文原版
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蛋白质序列位置特异性矩阵(PSSM)的获取
lafsca5的博客
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https://www.cnblogs.com/cong3Z/p/12775414.html
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本文中的Windows平台本地化blast2.9生成pssm的方法主要来源于以下两篇文章 https://blog.csdn.net/cpc784221489/article/details/88879650 https://blog.csdn.net/cpc784221489/article/details/88879650 然后根据自己的实际情况以及文件的路径略微进行了调整。 1、cm...
Blast生成蛋白质序列位置特异性矩阵-PSSM矩阵详细版
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在学习蛋白质蛋白质相互作用时看到了PSSM矩阵，就学习了一下如何生成的，具体步骤如下。 1.下载安装 网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 2.正常运行安装 此处并不产生任何快捷方式，不要反复下（都是踩过的坑）。 会产生一个blast文件夹 3.cmd-运行-powershell cd指令进入blast 或者 在blast中shift键+右击，进入powershell 4.下载数据库 网址：​..
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一、本地生成方式——PSSM矩阵的生成（ncbi-blast-2.9.0±win64） 本地生成需要自己下载ncbi-blast，还要自己动手安装及环境变量的配置；然后还要自己进行数据库构建，而一般我们需要拿来比对的数据库都比较大，下载很浪费时间。 具体操作方式可以参考以下文章： https://blog.csdn.net/xiaobai1_1/article/details/103224665 二、POSSUM服务器服务器在线生成http://possum.erc.monash.edu/ POSSUM服务
PSSM特征-从生成到处理
weixin_34319817的博客
07-28 1211
以下代码均为个人原创，如有疑问，欢迎交流。新浪微博：拾毅者 本节内容： pssm生成 pssm简化 标准的pssm构建 滑动pssm生成 在基于蛋白质序列的相关预測中。使用PSSM打分矩阵会得将预測效果大大提高，同一时候，假设使用滑动的PSSM，效果又会进一步提高。这里主要以分享代码为主，以下介绍下PSSM从生成到处理的全过程。 1.PSSM的生成 PSSM的...
使用Blast本地数据库获得PSSM特征矩阵
Javis486的专栏
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1.下载数据db文件 这次主要用到2中类型的蛋白质数据nr和nt，下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db，由于nr和nt比较大，建议使用迅雷下载分割的小文件(nr64个,nt45个)，如nr.00.tar.gz 2.解压所有的.gz文件 可以使用通配符解压(不知为何中途出错)， tar -xzvf *.gz 也可以使用脚本命令解压，下面给出pyt
PSSM本地版使用
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https://www.cnblogs.com/cong3Z/p/12775414.html 参考这篇博客，下载swissprot的时候不要下载错误，应该下载swissprot.gz，解压出来是一个swissprot文件，没有后缀
蛋白质pssm矩阵介绍
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PSSM（Position-Specific Scoring Matrix，位置特异性打分矩阵）是一种用于描述蛋白质序列中每个位置上各种氨基酸出现的频率的矩阵。它是通过对多个同源蛋白质的比对结果计算得到的。PSSM矩阵中的每个元素表示一个氨基酸在序列某个特定位置上出现的概率，这个概率是通过比对多个同源蛋白质中该位置上出现不同氨基酸的频率计算得到的。 PSSM矩阵常用于蛋白质序列的结构和功能预测。可以使用PSSM矩阵作为输入特征来训练和预测蛋白质的结构和功能。此外，PSSM矩阵还可以用于预测蛋白质的疏水性、稳定性以及蛋白质与其他分子（如DNA、RNA和蛋白质）的相互作用等。 总之，PSSM矩阵是一种用于描述蛋白质序列中氨基酸出现频率的矩阵，可以用于蛋白质结构和功能预测以及其他生物信息学任务。
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