PSSM本地版使用

https://www.cnblogs.com/cong3Z/p/12775414.html
参考这篇博客，下载swissprot的时候不要下载错误，应该下载swissprot.gz，解压出来是一个swissprot文件，没有后缀
遇到问题：
PSSM输入的应该是一个序列，如果想要获取一个pdb文件的序列，其实是有很多种方法的，可以使用pymol获取一个pdb文件的序列。
方法如下：

conda install -c schrodinger pymol

获取fasta文件（序列是以fasta的文件形式存储的）。X要替换成你的文件名，fasta文件中的X.fasta要和前边的pdb文件的保持一致

pymol X.pdb -c -d "save X.fasta"

使用Swissprot数据库会存在一些特殊情况下的问题（极少数会遇到）：
swissprot是精简版，去除了数据冗余，但是对于有些蛋白质序列，可能生成的pssm文件是不正确的。我的问题是，序列长度为371（371个氨基酸），但是使用本地版运行，只生成了369个氨基酸的PSSM矩阵。这很明显不正确。
解决办法：
使用官网的server版去运行即可：
https://possum.erc.monash.edu/server.jsp
官网的server版，虽然可以提交多条序列一起处理，但是仍存在以下缺点：
1、运行速度慢，当上传多条序列的时候，处理速度较慢，180条大概需要12个小时
2、对于不足长度不足50和超过5000的序列，server版并不能处理，所以只能用本地版来运行。