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RSS订阅原创 转录组-差异基因热图
top_de_exp<-dplyr::slice(de_result2,1:20)%>%#挑取差异最大的 select(-c(2:8))%>%#去掉2-8列 column_to_rownames(var="id")#列变行de_result2为上一篇转录组-火山图得到的数据！#第一种做图方式library(pheatmap)pheatmap(log10(top_de_exp+1), #cluster_rows = F,#顺序按照导入表一致且左侧不...
2022-05-14 21:27:39
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原创 运用ggalluvial包展示微生物优势菌群—冲击图
最近看了一篇微生物的文章，感觉他的图做的很好看！最终发现，ggalluvial包可以做这种冲击图。WeiR,DingY,GaoF,ZhangL,WangL,LiH,WangH.Communitysuccessionofthegrapeepidermismicrobesofcabernetsauvignon(VitisviniferaL.)fromdifferentregionsinChinaduringfruitdevelo...
2022-05-09 10:54:43
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原创 转录组-DESeq2筛选差异基因
需要数据：表达矩阵(count数据，count值为整数，矩阵是没有标准化的)； 分组信息； 差异比较矩阵(制定差异比较对象)getwd()mycounts<-read.csv("gene_exp.csv",row.names = 1)#这个表不对，有小数，应用Count数据head(mycounts)dim(mycounts)#几行几列mycounts_1<-my...
2022-04-08 10:40:55
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原创 转录组-PCA分析
PCA分析步骤：第一步，对所有样本进行中心化第二步，求特征协方差矩阵第三步，求协方差矩阵的特征值和特征向量第四步，将特征值按照从大到小的顺序排序，选择其中最大的k个，然后将其对应的k个特征向量分别作为列向量组成特征向量矩阵第五步，将样本点投影到选取的特征向量上(用欧氏距离方程计算点间距离)getwd()#导入三张表gene_exp<-read.csv("gene_exp.csv",header = T,row.names = 1)gene_info<-re..
2022-04-06 11:25:23
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空空如也
空空如也
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