运用ggalluvial包展示微生物优势菌群—冲击图

最新推荐文章于 2024-08-21 09:55:54 发布

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分类专栏：微生物组文章标签： r语言开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_59909329/article/details/124661252

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通过研究一篇关于葡萄表皮微生物群落演替的文章，发现ggalluvial包能制作出揭示微生物优势菌群动态变化的冲击图，适用于数据可视化和微生物学研究。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

最近看了一篇微生物的文章，感觉他的图做的很好看！最终发现，ggalluvial包可以做这种冲击图。

Wei R, Ding Y, Gao F, Zhang L, Wang L, Li H, Wang H. Community succession of the grape epidermis microbes of cabernet sauvignon (Vitis vinifera L.) from different regions in China during fruit development. Int J Food Microbiol. 2022 Feb 2;362:109475. doi: 10.1016/j.ijfoodmicro.2021.109475. Epub 2021 Nov 13. PMID: 34798479.

#安装包
install.packages("ggalluvial")
install.packages("tastypie")

library(ggalluvial)
library(ggplot2)
library(ggthemes)
library(tidyverse)
library(ggsci)
library(cowplot)
library(tastypie)

#读入数据
df=read.csv('MCMPphylum.csv',header = T)
head(df)