微生物群落分析思考：Simpson（D）指数的多种形式及其与Niche width (B)的关系

导师在帮忙修改论文时，给出了关于微生物群落Simpson指数及其与Niche width关系的批注，大意是说Simpson指数有多种形式，要合理选取，并且Simpson指数与Niche width给出的信息相重合，同时出现的话略显冗余，因此略作学习小计。

总的来说，Simpson （D）有1-D、1/D、-log(1-D)几种形式。

一般利用R语言的vegan包计算出来的Simpson是我们常说的D，计算方法也就是1 -  pi^2，简单理解就是1-OTU相对丰度的和

#使用vegan包计算多样性指数
Simpson <- diversity(df, index = "simpson", MARGIN = 2, base =  exp(1))

但是这个值与群落多样性呈现出一个相反的关系，因此，后来出现了1-D和1/D，可以根据自己的研究选取，在方法部分表明即可。

另外，还有一种呈现形式是-log(1-D)，能够让Simpson和Shannon指数具有相同的量表，简单理解就是两者单位统一了。可以参考文献Haegeman et al. 2013Robust estimation of microbial diversity in theory and in practice | The ISME Journal (nature.com)

然后就是Simpson与niche width的关系，利用'spaa'计算Levins niche width （B）的公式是1 /  pi^2，其实也就是B=1/（1-D），给出的信息确实是相重叠的。

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