【生信101】[StudyNotes] Conda的安装、配置及问题

目录

安装

1、获取

2、同意licnese

 3. 安装 （Enter , yes）  

4.运行

 

配置

1.创建频道

添加好的频道写到哪儿去了呢？

 如何查看已经添加的频道？

 2.创建独立环境

为什么要创建独立的环境？全装在base里不好吗？

如何创建环境？

重命名一个小环境

 个人问题总结

删除频道

在linux中使用vim编辑文件时，很常见的一个问题，若没有正确定的退出编辑，系统会生成一个隐藏文件.**.swp，此时若再次进入编辑，都会提示错误If you did this already, delete the swap file ".**.swp"，若要想再次正确编辑文件，必须先删除.**.swp文件。

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安装

1、获取

wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

 注意：wget -c (加了-c速度会更快)

2、同意licnese

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

 

 3. 安装 （Enter , yes）  

 完成安装

4.运行

source ~/.bashrc

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配置

1.创建频道

下载conda —— 下单了一台电视机

安装conda —— 安装好了电视机 

配置 conda频道 —— 搜索电视机频道

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清华镜像:

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes

添加好的频道写到哪儿去了呢？

cat ~/.condarc 

 如何查看已经添加的频道？

conda config --get channels

 2.创建独立环境

为什么要创建独立的环境？全装在base里不好吗？

a. conda会改变你原来设置好的环境

b. 不同的软件的依赖会相互冲突

c. 方便项目管理（基因组，转录组，Chip-seq不同的课题可创建一个不同的环境）

所以，建议大家base环境里最好不要装任何包，除非你知道这个包会对你原生环境造成影响。

如何创建环境？

conda create -n rngwas        #创建一个名为gwas的conda小环境，-n：指定环境名称

conda activate rngwas         #启动rngwas这个小环境

conda deactivate                  #退出

conda env list 或 conda info --env        #列出已存在的小环境

conda remove -n regwas --all              #all代表除了这个环境之外，里面的包都要全部删掉

重命名一个小环境

conda create -n Python2                                            #OS：每次都要写Python2好麻烦啊！

conda remove -n py2 --clone Python2                       #OS：这次命名一个短一点的、不用大小写切换的

conda remove -n Python2 --all                                           #OS:删掉原本

  

图为gwas小环境所在位置 

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 个人问题总结

在这个步骤的下一步由于打错字，造成错误，无法运行

使用-u 即可

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -u

删除频道

查找channels有哪些

cat ~/.condarc

在linux中使用vim编辑文件时，很常见的一个问题，若没有正确定的退出编辑，系统会生成一个隐藏文件.**.swp，此时若再次进入编辑，都会提示错误If you did this already, delete the swap file ".**.swp"，若要想再次正确编辑文件，必须先删除.**.swp文件。

rm .**.swp

 vim ~/.condarc        #vim进入删除界面——condarc是所配置的频道

直接将光标移动到要删除的频道前，然后按2下dd，即可删掉某个频道。

 然后直接:wq 保存退出