Linux 配置 GWAS环境遇到问题及解决方案

1. 安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

查看conda 版本

conda -V

2. 创建虚拟环境

conda activate -n [环境名]

如上图中Linux提示：

激活虚拟环境：conda activate [环境名] || source acitvate [环境名]

退出虚拟环境：conda deactivate

3. 安装plink

在这里我遇到了一些问题，当前源没有plink

添加源：

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels defaults

conda config --add channels r

conda config --add channels bioconda

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以下是错误示范，备选方案

于是我添加了清华源，出现了新问题：我的账号权限不足

可以为用户或者仅针对上面的问题，为用户授权miniconda3的读写权限

找到miniconda3的文件位置，然后键入命令

sudo chown -R [用户名] [miniconda3的路径]

或者 提权，加入sudo组：

sudo usermod -a -G [要加入的用户组，这里是sudo] [要提权的用户名]

但依然出现了源中没有plink的问题：

所以我换了一种方案安装plink

在plink官网下载对应版本的plink安装包，传输到服务器，进行安装

https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/

解压zip文件：unzip -d [创建新的目录] [压缩包名]

安装plink

sudo apt install plink

安装成功

4. 安装tassel

conda install tassel

5. 安装R

conda install R