代谢组学数据归一化

# 直接百度搜索MetNormalizer，进入Github最简单

##从Github安装Metnormalizer包
if(!require(devtools)){
install.packages("devtools")
}
devtools::install_github("jaspershen/MetNormalizer")

#Github中提供的示例数据，需要下载，不知道数据类型可以下载调整自己的数据

devtools::install_github("jaspershen/demoData")

#其中需要两个文件，第一个是质谱的定量表

第二个是样品名

#加载包，导入示例数据

library(demoData)
library(MetNormalizer)
path <- system.file("MetNormalizer", package = "demoData")
file.copy(from = path, to = ".", overwrite = TRUE, recursive = TRUE)
new.path <- file.path("./MetNormalizer")

#直接标准化数据

metNor(
  ms1.data.name = "data.csv",
  sample.info.name = "sample.info.csv",
  minfrac.qc = 0,
  minfrac.sample = 0,
  optimization = TRUE,
  multiple = 5,
  threads = 4,
  path = new.path
)