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RSS订阅原创 使用单细胞测序数据生成CIBERSORT参考特征矩阵
使用seurat获得单细胞特征基因表达矩阵，并上传CIBERSORT，生成参考特征矩阵的方法
2025-05-09 17:08:26
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原创 自存 单细胞测序细胞互作分析 CellChat
显示指定signaling的互作受体-配体对，我这里示例的是MHC-I信号通路，通常来说只需要一个signaling就行了，不嫌事大的话倒也可以试试全部的信号通路（笑）可以看受体-配体对在各群细胞的互作中的水平。纵轴是信号来源，横轴是接受信号的靶标，可以看到，这张图说明CD8 T细胞是接收MHC-I信号的主要靶细胞，其他细胞都有起到信号源的功能。这篇帖子的可视化讲的太拉了，所以参考了其他的帖子并且实践了一下，博主会提供几个常见的结果图的代码。圈的大小是这群细胞中表达这个基因的比例，颜色是表达量。
2024-04-15 14:03:49
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原创 RNA-seq分析入门01——差异基因表达分析
AveExpr是基因在所有样本中的平均表达量，t是用于t-test的，可以衡量组间差异显著性，P.value就是P值，adj.P.Val是校正过的P值，这里我用的是“BH”方法进行的校正。随后就是对样本进行分组了，我这里按照癌组织和正常组织进行分组，我们需要一个记录了分组信息的列表list，这里的list可以按照自己想要的分组进行设置，但是要和前面的data的排列顺序互相匹配。首先，准备好所需的数据，如下图所示，基因表达数据为一个包含样品与基因的矩阵。diff矩阵就是我们的最终结果，大致预览效果如下所示。
2023-12-08 16:54:15
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空空如也
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