自存单细胞测序细胞互作分析 CellChat

最新推荐文章于 2025-04-13 16:33:08 发布

高性能氢分子

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分类专栏：单细胞测序文章标签：学习 r语言经验分享

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_73043012/article/details/137770194

版权

使用工具：R语言，CellChat
我是参考该帖子来做的：https://www.jianshu.com/p/7128c64f8cf4

本篇对该帖子的一些bug做补充，以及谈谈对分析结果的理解

备注：

在安装CellChat时，需要在python装一个包，而且还要在R用biocManager先装两个包‘BiocNeighbors’和‘ComplexHeatmap’。

问题1

这个帖子可能因为版本的原因有些地方出错了，第一个问题是CellChat不支持V5版本，需要转成V3版本的seurat对象

#V5转V3
scedata[['RNA']]<-as(object = scedata[['RNA']], Class = 'Assay') #scedata是你的seurat对象

问题2

在选择cellchatDB时，要输入正确的数据库名称，这个帖子的示例有个地方没大写，会导致下一步报错：

Error in identifyOverExpressedGenes(cellchat) : 
  Please check `object@data.signaling` and ensure that you have run `subsetData` and that the data matrix `object@data.signaling` looks OK.

正确的数据库名称可以用这个代码看，以及正确选择cellchatDB的代码如下所示：

##加载设定需要的cellchat数据库
CellChatDB <- CellChatDB.human #human
#显示cellchat数据库名称
showDatabaseCategory(CellChatDB)
CellChatDB.use <- subsetDB(CellChatDB, search = "Secreted Signaling") # use Secreted Signaling for cell-cell communication analysis（原帖子就是在这里写错大小写害我浪费不少时间）
cellchat@DB <- CellChatDB.use # set the used database in the object
#直