Xena除了线上分析之外,还可以下载几乎多个数据库的数据,可以保存到本地自己分析。
我已经选好了准备下载的数据,如果有人不清楚怎么选数据的可以去看我的上一篇教学(Xena数据库快速入门01——选取数据和在线分析-CSDN博客)下载方法非常简单,点击右上角的三个点就可以看到一个“download”的选项,选择“download”就可以下载了。
这种下载方法比较简单,下载后的文件是一个tsv文件,可以用excel打开,比较方便查看,打开之后的示意图如下。
除此之外,Xena还提供包含全部基因的高通量测序数据。
首先,点开左上角的"Data Sets",Xena会提供一系列的数据集,挑选一个感兴趣的数据集点开。
点进去之后有很多种数据,挑选感兴趣的一个数据下载,这里选择的是比较常用的gene expression的表达矩阵。点开之后就可以选择"download"下载基因表达矩阵了。
下载之后会得到一个.gz格式的压缩包,里面有一个HiSeqV2的未知文件,这个文件把它的格式强转为.txt或.tsv就可以打开了。打开之后的文件示意图如下。
基本的下载数据的方法如上所述。