Science Advances：利用iSpatial对全基因组空间表达进行精确推断

空间分辨转录组分析可以揭示组织结构和环境依赖性细胞-细胞或细胞-环境相互作用的分子机制。由于目前的技术限制，以单细胞分辨率获得全基因组空间转录组是一项挑战。近日，《Science Advances》发表了一个名为iSpatial的新算法，通过整合空间转录组和单细胞转录组数据集来推导整个转录组的空间模式。

iSpatial是什么？

基于FISH和原位测序的ST技术，如MERFISH、seqFISH、osmFISH和STARmap，可以以单细胞分辨率同时揭示基因表达和位置，但预定义的基因靶点有限（下图左）。另一方面，scRNA-seq可以无偏地描绘整个转录组，但不提供空间信息（下图中间）。通过整合两种方法的单细胞基因表达谱（逐个细胞的基因矩阵），可以根据scRNA-seq数据推断出每个空间图谱细胞中非目标基因的缺失信息，从而得到图谱细胞的全基因组空间表达信息（下图右）。

iSpatial 基本原理示意图

iSpatial是一种基于R的生物信息学工具，它整合了scRNA-seq和ST谱数据，以高空间分辨率推断每个基因的表达模式。</