STUtility是一个R软件包，专为空间转录组学数据提供标准化处理、组织切片对齐、三维模型创建等功能。它接受10x Genomics Visium数据，支持图像处理、空间分析和可视化。通过实例演示，展示了在小鼠大脑和人类乳腺癌样本中的应用，揭示组织结构和基因表达模式。
基因原位表达技术的最新进展构成了转录组学的一个新的迅速发展领域。随着10x Genomics Visium平台的推出，这种方法开始被广泛采用。实验方案是在从较大的组织样本中采集单个组织的切片上进行。该数据的二维性质要求从样本中采集多个连续切片，以便构建组织的全面三维图谱。然而，目前还没有软件可以让用户处理图像，对齐堆叠的实验数据，并最终在三维空间中将它们一起可视化，以创建组织的整体视图。
来自瑞典的科研团队开发了STUtility，一个为空间转录组学数据提供完整工作流程的工具，从测序和图像数据处理到组织的最终三维模型的创建。
STUtility是什么？
STUtility是一个R软件包，该软件包以10x Genomics Visium 数据为输入，提供了执行标准化数据转换、多个组织切片对齐、区域注释以及在三维模型框架中对组合数据进行可视化的功能。
程序示意图概述：从组织收集到最终可视化的数据分析结果
完整的STUtility工作流程是在R中进行的。STUtility的输入包括计数文件和来自苏木精/伊红（H&E&#x
最低0.47元/天 解锁文章
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
