Nat. Methods | COMMOT：利用最优运输进行空间转录组细胞间通讯分析

空间转录组学技术和空间注释的scRNA-seq数据集为分析细胞间通讯 (CCC) 提供了前所未有的机会。然而，整合CCC重建所需的空间信息和复杂的生化过程仍然是一个重大挑战。近日《Nature Methods 》发表了一种处理复杂分子相互作用和空间约束的最优运输方法：COMMOT，推断空间转录组学中的CCC。

COMMOT是什么？

COMMOT（最佳传输的通讯分析）通过同时考虑空间转录组学数据或空间注释scRNA-seq数据的大量配体-受体对来推断CCC，这些数据配备了根据成对空间成像数据估计的细胞之间的空间距离；总结和比较空间信号的方向；使用树模型识别CCC对基因表达的下游影响；并为各种分析提供可视化工具。

COMMOT概述

COMMOT具有三个重要特征：首先，使用非概率质量分布来控制运输计划的边缘，以保持物种之间的可比性；第二，对CCC实施空间距离约束，以避免连接空间上相距较远的部分；最后，将多物种分布（配体）传输到多物种分布（受体）以解释多物种相互作用。