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QTL
文章平均质量分 65
橙子牛奶糖
这个作者很懒,什么都没留下…
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一行命令批量修改染色体和位置为RS号
鉴于太多人问我怎么批量根据chr:pos查找RS号,在这里出一个教程。注意以下教程展示的是修改hg19基因组版本的RS号,如果你的数据是其他版本的,请修改为对应版本的数据。假定数据是test.txt,内容如下:现在希望根据第一列chr:pos找到对应的RS号,实现以下的效果:则可以用dplyr::left_join参数,具体实现过程如下所示:install.packages(dplyr)library(dplyr)tes = read.table("test.txt",header=T原创 2021-11-30 21:09:10 · 9039 阅读 · 47 评论 -
使用 PLINK 把 vcf 的0/0,0/1,1/1转为字母格式的基因型(比如AA,AG,GG)
file.vcf文件如下所示,包含两个样本、四个变异位点:#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT ID1 ID2 chr1 123 rs1 G A . PASS . GT 0|0 1|0 chr1 124 rs2 C A . PASS .原创 2021-09-10 21:03:23 · 3876 阅读 · 2 评论 -
使用 QTLtools 进行 PCA 分析
3 使用 QTLtools 进行 PCA 分析QTLtools 工具可以进行基因型的PCA分析,也可以进行表型的PCA分析,以下教程分别针对基因型和表型的PCA进行介绍:3.1 对基因型进行PCA分析;命令如下所示:QTLtools pca --vcf genotypes.chr22.vcf.gz --scale --center --maf 0.05 --distance 50000 --out testgenotypes.chr22.vcf.gz输入文件如下所示:[外链图片转存失败,源站可能原创 2021-08-13 22:15:15 · 554 阅读 · 0 评论 -
下载、安装、编译 QTLtools
1 下载、安装、编译 QTLtools下载、解压 QTLtools:wget https://qtltools.github.io/qtltools/binaries/QTLtools_1.3.1_source.tar.gztar xzvf QTLtools_1.3.1_source.tar.gzcd qtltools/在编译QTLtools之前需要添加library,如下步骤所示:1.1 添加BOOST_INC和BOOST_LIB先查询program_options.hpp和libboos原创 2021-08-12 19:54:48 · 436 阅读 · 0 评论