序列比对（alignment）

最新推荐文章于 2025-03-16 13:39:49 发布
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本文介绍了如何使用NCBI的BLAST进行核苷酸或蛋白质比对，并详细步骤演示了MEGA软件中序列文件的导入与ClustalW比对，以及系统发育树的构建过程。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

序列比对（alignment）

1 使用NCBI进行BLAST

1、进入NCBI官网（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）
Alt
2、点击右上角BLAST
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3、核苷酸比对选择 Nucleotide BLAST，氨基酸比对选择 Protein BLAST （以核苷酸比对为例），复制需要比对的序列，自行选择比对的数据库，进行BLAST即可获得比对结果
在这里插入图片描述
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4、如果需要比对两条序列间的碱基差异，可勾选 Align two or more sequences
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2 使用MEGA进行比对

1、用MEGA软件导入需要比对的序列文件，点击Alignment，选择Align by ClustalW 进行比对
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2、点击Data中的Phylogenetic Analysis，返回到MEGA界面，点击Phylogeny，选择构建系统发育树（Maximum Likelihood、Neighbor-joining 和 Minimum Evolution method）

wendy_r
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欢迎来GitHub上fork，一起进步： https://github.com/xuzhougeng 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。 直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。 接...
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