序列比对

1、什么是序列比对？

为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。
参考-》百度百科

2、双序列比对的基本概念

1. 从s到t，和t到s，他们的分数是一样的。其他类似
2. 与上下文无关
3. 空位：对应序列中发生片段的插入或删除，也就是indel(insertion、deletion)，通常会对序列的功能产生影响，所以空位在对比过程中总是对应于一个负分，也就是所谓的空位罚分(Gap),由于我们一次插入和删除往往涉及到多个残基，这个与替换是不一样的，所以一个空位的长度常会大于1，所以一般空位罚分就会采用一种所谓的线性组合的模式，也就是说会把产生一个gap（空位)和gap extending(空位扩展)区分开来，分别给予不同的罚分。若5个连续的空位，则是gap + gap extending*(5-1)
4. 比对关系：一对残基的比对关系也只有三种，一对残基正好对在一起，或者其中的一个对应着空位。

3、双序列比对的构建

3.1利用动态规划进行全局对比

1. 概念：动态规划是一种用来解决具有优子结构的，性质的优化问题的计算机算法。所谓最优子结构性质，就是指局部最优解的组合就是全局的最优解，也就是说好的加好的还是好的。具体说，动态规划的基本算法就是把一个复杂的大问题划分若干小问题，然后为这些小问题找到最优解来最终解决最初的大问题的最优解。
2. 公式：
   
   
3. 实例
   

3.2 从全局比对到局部比对

1. 背景：随着越来越多序列数据的产生，对两条序列所有残基进行全局比对的特点也碰到了问题。首先随着越来越多的蛋白序列被测定，研究人员发现功能相关的蛋白之间虽然可能在整体序列上相差甚远，却常常会有相同的功能域，这些序列片段能够独立发挥特定的生物学功能，却在不同蛋白之间相当保守，但仅靠全局比对的算法显然是无法发现这样的片段的。另一方面70年代内含子的发现，使得在做核酸水平的序列比对时，必须要能正确处理内含子导致的大片段差异。需要新的方法发现相似的局部序列。
2. Smith-Waterman局部比对算法：
   
   增加了一个下线，残基的比对得分不能低于0。
   
   
   所有回溯都是局部的，最终得到的比对也是局部的。
   也因此，和全局比对不同，我们话可以得到除了最优比对之外的，次优的局部比对。

3.3 考虑仿射高空位罚分的序列对比，以及如何计算Needleman-Wunsch算法的时间复杂度

由于一次插入和删除往往涉及到多个残基，因此与替换不同，一个空位的长度常会大于1，所以空位罚分往往采取一种线性组合的模式。要正确的区分gap与gap extending ,引入状态模式。

其中X、Y都表示对应空位，M表示一对相等或不等的残基。

引入有限状态机的概念来表示状态转移！

时间复杂度：此算法将时间代价由穷举法的指数时间下降到了平方时间！

注：详细内容可参考：北京大学生物信息学