R语言【rgbif】——occ_download_import()：从GBIF导入下载的文件

Package rgbif version 3.7.9

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Usage

occ_download_import(
  x = NULL,
  key = NULL,
  path = ".",
  fill = FALSE,
  encoding = "UTF-8",
  ...
)

as.download(path = ".", key = NULL)

## S3 method for class 'character'
as.download(path = ".", key = NULL)

## S3 method for class 'download'
as.download(path = ".", key = NULL)

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Arguments

参数【x】：调用occ_download_get的输出

参数【key】：从请求生成的密钥，如occ_download

参数【path】：解压缩文件到的路径。默认值:“.”，写入与zip文件名匹配的文件夹

参数【fill】：（逻辑值）（默认FALSE）如果为TRUE，则在行长度不等的情况下，隐式填充空白字段。传递给data.table:: read中的填充参数。

参数【encoding】：（字符）读取数据的编码;传递给data.table:: read()。默认值:“utf - 8”。其他允许的选项:“Latin-1”和“unknown”。

参数【...】：传递给data.table::fread()的参数。有关详细信息，请参阅阅读文档。这里可能特别有用的一些读取参数有:select(选择要读取的列;其他被删除)，nrows(只读取一定数量的行)

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Details

您可以提供x作为输入，也可以同时提供key和path。我们在内部使用data.table:: read()来读取数据。

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Value

a tibble (data.frame)

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Problems reading data

使用occ_download_import()时可能会遇到错误；大多数情况下，这是由于data.table:: fread()无法正确解析occurrence.txt文件。fill参数向下传递给data.table::fread()和…允许您传递data.table::fread()接受的任何其他参数。

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countryCode result column and Namibia

纳米比亚的国家代码是“NA”。不幸的是，在R中，“NA”字符串将被读入R作为NA/缺失。为了避免这种情况，在这个函数中，我们读入数据，然后将NA/缺失值转换为字符串“NA”。当国家代码确实缺失时，它将是一个空字符串。

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Examples

res <- occ_download_get(key="0000066-140928181241064", overwrite=TRUE)
occ_download_import(res)

occ_download_get(key="0000066-140928181241064", overwrite = TRUE) %>%
  occ_download_import