R语言【rgbif】——用rgbif下载物种分布数据（rgbif包的初步探索）

简介

GBIF开放了全球物种分布数据

准备工作

install.packages("rgbif")

物种查询与下载

1. 在GBIF中查询数据需要目标类群的唯一物种识别号（key number）。

key <- name_suggest(q="Mahonia", rank = "genus")$data$key[1]
key

博主以Mahonia属为例。输出的识别号如下：

3033842

详解name_suggust函数

官方提供的用户手册中翻译如下：

1. 描述

简便快捷地查询==单次至多20个科学名==的唯一识别号。输出结果依次排列。

2. 函数用法

name_suggest(
q = NULL,
datasetKey = NULL,
rank = NULL,
fields = NULL,
start = NULL,
limit = 100,
curlopts = list()
)

3. 参数详解

参数	含义
q	（字符型，必填）单一的搜索参数。可以是单个，也可以是俗名
datasetKey	（字符型）根据checklist数据集键(uuid)进行筛选
rank	（字符型）分类等级。包括 class, cultivar, cultivar_group, domain, family, form, genus, informal, infrageneric_name, infraorder, infraspecific_name, infrasubspecific_name, kingdom, order, phylum, section, series, species, strain, subclass, subfamily, subform, subgenus, subkingdom, suborder, subphylum, subsection, subseries, subspecies, subtribe, subvariety, superclass, superfamily, superorder, superphylum, suprageneric_name, tribe, unranked, or variety
fields	（字符型）决定输出的data.frame
start	默认0
limit	默认100，最大值1000
curlopts	传给HttpClient的已命名curl选项列表

4. 可多项输入的参数

• rank
• datasetKey

2. 查询目标类群在GBIF中的地理分布记录数量

 occ_count(taxonKey=key, georeferenced=TRUE, basisOfRecord= 
"PRESERVED_SPECIMEN")

输出显示有7274条记录。

注意

虽然上述语句可以执行，但在rgbif3.7.6版本中，会提示：arg ‘georeferenced’ is deprecated since rgbif 3.7.6, use ‘hasCoordinate’ and ‘hasGeospatialIssue’ instead.
尽管不会影响使用，但仍建议将上述语句替换为：

occ_count(taxonKey=key, hasCoordinate=TRUE, basisOfRecord= "PRESERVED_SPECIMEN")

并且，修改后的语句，返回结果更多：8697

详解occ_count函数

官方提供的用户手册中翻译如下：

1. 描述

获取记录数量

2. 函数用法

occ_count(..., occurrenceStatus = "PRESENT", curlopts = list())

3. 参数详解

参数	含义
…	传递给occ_search()的参数
occurrenceStatus	（字符型）默认值PRESENT。可以指定为 “PRESENT” 或 “ABSENT”
curlopts	Curlopts(列表)curl选项。

4. 详情

occ_count()实际上是occ_search(limit=0)$meta$count的封装函数。需要注意，在rgbif3.7.6版本中，occ_count()使用了与以往版本不同的GBIF API。georeferenced, type, date, to, from参数被移除

c(“a”,“b”)写法会报错，可替换为"a;b"

3. 搜索目标类群在GBIF中的地理分布记录

data <- occ_search(scientificName = "Mahonia", limit= 10000, hasCoordinate = TRUE, basisOfRecord= "PRESERVED_SPECIMEN")

4. 保存数据

write.xlsx(data$data, "D://Work_Space/mahonia/Mahonia现存分布数据/GBIF-Mahonia.xlsx", overwrite = TRUE)