狭缝中水分子扩散2

gromacs复健记录：

参考原文在这里：狭缝中水分子模拟的力场文件（gromacs）/狭缝中水分子行为的分子模拟（gromacs）
上一篇在这里：狭缝中水分子扩散

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拓扑文件构建：

石墨烯力场参数参照原文，水分子换成了tip3p模型，拓扑文件写在了一个文件里面，反正也不长

[atomtypes]写在一起，其他的按顺序写就好了

; top file
[defaults]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
    1      2          yes      0.5    0.8333

[atomtypes]
; name bond_type   mass  charge ptype sigma           epsilon
  CG     cg      12.0110 0.0000   A    3.3999670E-01 3.598240E-01
  OW           8      16.00    0.0000  A   3.15061e-01  6.36386e-01
  HW           1       1.008   0.0000  A   0.00000e+00  0.00000e+00

[nonbond_params]
;    i       j   func  c6  c12
     CG      CG   1     0   0

[ moleculetype ]
; molname	nrexcl
SOL		2

[ atoms ]
; id  at type     res nr  res name  at name  cg nr  charge    mass
  1   OW          1       SOL       OW       1      -0.834    16.00000
  2   HW          1       SOL       HW1      1       0.417     1.00800
  3   HW          1       SOL       HW2      1       0.417     1.00800

#ifndef FLEXIBLE

[ settles ]
; OW	funct	doh	dhh
1       1       0.09572 0.15139

[ exclusions ]
1	2	3
2	1	3
3	1	2

#else

[ bonds ]
; i     j       funct   length  force_constant
1       2       1       0.09572 502416.0   0.09572        502416.0 
1       3       1       0.09572 502416.0   0.09572        502416.0 
        

[ angles ]
; i     j       k       funct   angle   force_constant
2       1       3       1       104.52  628.02      104.52  628.02  

#endif

[ moleculetype ]
; molname	nrexcl
GRA    1

[ atoms ]
; id  at type     res nr  res name  at name  cg nr  charge    mass
  1   CG          1       GRA        C       1       0.000     12.0110

[System]
water in graphene channel 1nm

[Molecules]
GRA 4828
SOL 8000

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能量最小化&NVT模拟：

参数基本照抄，考虑到计算量和我有限的配置，花4小时先模拟5ns看看效果，时间不够可以再续

模拟参数如下

; min.mdp
integrator = steep
emtol      = 1000
emstep     = 0.01
nsteps     = 100000

nstlist       = 1
cutoff-scheme = Verlet
ns_type       = grid
coulombtype   = PME
rlist         = 1.6
rcoulomb      = 1.6
rvdw          = 1.6
pbc           = xyz

freezegrps    = GRA
freezedim     = Y Y Y

; nvt.mdp
integrator = md
nsteps     = 2500000
dt         = 0.002

nstxout    = 5000
nstvout    = 5000
nstenergy  = 500
nstlog     = 5000
nstxtcout  = 5000

continuation          = no
constraint_algorithm  = lincs
constraints           = h-bonds

ns_type        = grid
nstlist        = 10
cutoff-scheme  = Verlet
rlist          = 1.2
rcoulomb       = 1.2
rvdw           = 1.2

coulombtype    = PME
pme_order      = 4
fourierspacing = 0.16

tcoupl     = Nose-Hoover
tc-grps    = system
tau_t      = 0.5
ref_t      = 298

pcoupl     = no
pbc        = xyz
periodic-molecules = yes
ewald-geometry     = 3d
DispCorr   = EnerPres

gen_vel    = yes
gen_temp   = 300
gen_seed   = -1

freezegrps = GRA
freezedim  = Y Y Y

模拟出现空腔，密度分布图也可以看出空腔存在，原文里给出的原因是水分子数量不够，增加水分子数目可以改善，不过我选用另一种方法，在Z轴两端加墙，教程里建议添加石墨烯模型充当墙的作用，但gromacs自带wall命令可以实现这个功能，挖个坑下次填

另外，原文里说298K条件下水没有进入狭缝中，在我的体系里是顺利进去了的，不确定是不是水模型的原因 --> 狭缝中水分子扩散的问题（gromacs）
再另外，原文的水分子密度分析我觉得不严谨甚至是有问题的，挖坑下次填 --> 狭缝中水分子行为的分子模拟数目分析（gromacs）

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to be continue…