gromacs复健记录
有段时间没做新体系了,在公众号上看到一个教程,通过复现来回顾一下知识点,毕竟用gromacs又不做蛋白质体系的教程不太常见
参考原文在这里:
狭缝中水分子模拟建模(gromacs)
建模:
基本与教程一致,但我没有packmol,所以用的gmx editconf
这里只记录和教程不一样的部分
拼接好石墨烯狭缝后用gmx editconf
修改盒子大小顺便放在盒子中心比vmd方便,并且gro文件比pdb文件好打开多了,deepin自带的文本编辑器居然不支持pdb文件的读取
gmx editconf -f gra.pdb -o gra.gro -box 4.1752 8.0826 16 -center 0 0 0
得到[4.1752 8.0826 16]
尺寸的石墨烯狭缝盒子如下
vmd的单位是
A
˚
\AA
A˚,gromacs单位是nm,需要注意换算,本文使用的单位是nm
没有packmol又不想安装,于是采用了一个更麻烦的办法,在狭缝两端分别拼一个水盒子上去
- 构建水盒子
方法很多,我这里用gmx solvate
命令
水盒子的长宽必须与狭缝盒子匹配,高度可以看情况而定,这里两端空了大概4nm,所以建一个[4.1752 8.0826 4]
尺寸的水盒子,考虑到计算量,只放4000个水分子
gmx solvate -cs spc216.gro -o water.gro -box 4.1752 8.0826 4 -maxsol 4000
- 构建要拼接的两端盒子,逻辑是将水盒子放在与狭缝盒子一样大的盒子对应位置
– 狭缝位于盒子中心,质心坐标[2.0876 4.0413 8.0413]
– 底端盒子质心坐标设为[2.0876 4.0413 1.5]
– 顶端盒子质心坐标设为[2.0876 4.0413 14.5]
放得稍微离狭缝远一点避免水分子和石墨烯离得太近
gmx editconf -f water.gro -box 4.1752 8.0826 16 -center 2.0876 4.0413 1.5 -o bottom.gro
gmx editconf -f water.gro -box 4.1752 8.0826 16 -center 2.0876 4.0413 14.5 -o top.gro
gmx editconf -f gra.gro -box 4.1752 8.0826 16 -center 2.0876 4.0413 8.0413 -o gra.gro
- 拼接三部分,先把
gra.gro
文件复制一份以防万一,把水的坐标复制粘贴进去就好,得到合并文件box.gro
一定要注意修改原子数4828+40003+40003=28828
建模成功
复制粘贴后得到的文件使用vmd打开可以直接观看,但如果使用ovito打开会发现只有部分原子显示,应该是水分子编号的问题,用gmx editconf
重新编号一下就可以了
gmx editconf -f box.gro -o box.gro