狭缝中水分子扩散

gromacs复健记录

有段时间没做新体系了，在公众号上看到一个教程，通过复现来回顾一下知识点，毕竟用gromacs又不做蛋白质体系的教程不太常见

参考原文在这里：狭缝中水分子模拟建模（gromacs）

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建模：

基本与教程一致，但我没有packmol，所以用的gmx editconf

这里只记录和教程不一样的部分
拼接好石墨烯狭缝后用gmx editconf修改盒子大小顺便放在盒子中心比vmd方便，并且gro文件比pdb文件好打开多了，deepin自带的文本编辑器居然不支持pdb文件的读取

gmx editconf -f gra.pdb -o gra.gro -box 4.1752 8.0826 16 -center 0 0 0 

得到[4.1752 8.0826 16]尺寸的石墨烯狭缝盒子如下
vmd的单位是$\mathring{A}$，gromacs单位是nm，需要注意换算，本文使用的单位是nm

没有packmol又不想安装，于是采用了一个更麻烦的办法，在狭缝两端分别拼一个水盒子上去

• 构建水盒子
  方法很多，我这里用gmx solvate命令
  水盒子的长宽必须与狭缝盒子匹配，高度可以看情况而定，这里两端空了大概4nm，所以建一个[4.1752 8.0826 4]尺寸的水盒子，考虑到计算量，只放4000个水分子

gmx solvate -cs spc216.gro -o water.gro -box 4.1752 8.0826 4  -maxsol 4000

• 构建要拼接的两端盒子，逻辑是将水盒子放在与狭缝盒子一样大的盒子对应位置
  – 狭缝位于盒子中心，质心坐标[2.0876 4.0413 8.0413]
  – 底端盒子质心坐标设为[2.0876 4.0413 1.5]
  – 顶端盒子质心坐标设为[2.0876 4.0413 14.5]
  放得稍微离狭缝远一点避免水分子和石墨烯离得太近

gmx editconf -f water.gro -box 4.1752 8.0826 16 -center 2.0876 4.0413 1.5 -o bottom.gro
gmx editconf -f water.gro -box 4.1752 8.0826 16 -center 2.0876 4.0413 14.5 -o top.gro
gmx editconf -f gra.gro -box 4.1752 8.0826 16 -center 2.0876 4.0413 8.0413 -o gra.gro

• 拼接三部分，先把gra.gro文件复制一份以防万一，把水的坐标复制粘贴进去就好，得到合并文件box.gro
  一定要注意修改原子数4828+40003+40003=28828
  
  建模成功
  复制粘贴后得到的文件使用vmd打开可以直接观看，但如果使用ovito打开会发现只有部分原子显示，应该是水分子编号的问题，用gmx editconf重新编号一下就可以了

gmx editconf -f box.gro -o box.gro

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