SeuratData包里pbmc3k数据集下载老失败的解决方案

pbmc3k是单细胞经典数据集，SeuratData包里包含了pbmc3k等各种数据集供下载。但是因为网络原因，在R里直接下载很容易失败。把该数据集用浏览器（用IDM等下载工具更快）下载下来后查看发现是R包的形式存在的，因此可以用手动安装的方式获得该数据集。详细如下：

# 从github上安装SeuratData包
devtools::install_github('satijalab/seurat-data')
# 导入SeuratData包
library(SeuratData)
# 查看当前所有可获取的数据集和简介
AvailableData()
# timeout时间从默认60改为1000，尝试代码自动下载安装
options(timeout = 1000)
InstallData("pbmc3k")

下载报错信息
trying URL
‘http://seurat.nygenome.org/src/contrib/pbmc3k.SeuratData_3.1.4.tar.gz’
Content type ‘application/octet-stream’ length 93780025 bytes (89.4
MB)

downloaded 1.2 MB

Error in download.file(url, destfile, method, mode = “wb”, …) :
download from
‘http://seurat.nygenome.org/src/contrib/pbmc3k.SeuratData_3.1.4.tar.gz’
failed

手动下载该链接：‘http://seurat.nygenome.org/src/contrib/pbmc3k.SeuratData_3.1.4.tar.gz’，放到指定目录，这里放在home目录下

# 手动安装该数据集
install.packages('~/pbmc3k.SeuratData_3.1.4.tar.gz', repos = NULL, type = "source")
# 仅首次需要手动导入，后续可以直接加载
library(pbmc3k.SeuratData)	
# 加载该数据集
data("pbmc3k")
# 查看数据
pbmc3k = UpdateSeuratObject(pbmc3k)
pbmc3k