R下运行UMAP方案

UMAP降维方案实现有两种方案：

1、使用R自带的uwot包来实现，查阅相关资料发现使用下列语句可以实现，当然需要提前library（“uwot”）

scc.1 <- RunUMAP(scc,dims = 1:50,
                 umap.method = 'uwot',
                 metric = 'cosine') 

2、调用python的UMAP-learn包

          这一方案实现起来有两种思路：

2.1、直接在R中进行umap-learn 包的安装。

2.2、在python中安装umap-learn包，然后再r中设置好python环境进行调用。

这里我推荐使用第二种方案，步骤如下：

2.3

conda info -e #检查目前conda 的环境

创建一个环境，名称随便选就好，并激活

conda activate r

接下来就是在你的环境中安装下列包

conda install numpy scipy

conda install scikit-learn

conda install numba

pip install umap-learn

最后检查一下umap-learn安装成功没有

conda list

到此python下umap-learn包的配置就完成了，接下来进入R配置

首先在R中设置python conda 的环境为umap-learn包安装的环境，重启R。

library(reticulate)#加载python环境
py_config()#查看pytho