本文详细介绍了ATAC-seq数据分析中的FastQC软件下载与安装步骤。首先，访问FastQC官网下载最新版本的软件，然后在data目录下创建FastQC目录并解压缩。接着，赋予fastqc文件执行权限，并将其路径添加到环境变量中。最后，通过source命令使设置生效，完成FastQC的安装准备，以便进行后续的数据质量控制。
ATAC-seq分析流程
FastQC软件的下载
- 进入fastqc官方网站，https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
- 在你的data目录下创建一个FastQC目录：
mkdir FastQC.dir；进入这个目录：cd FastQC - 在该目录下执行下载命令：
nohup wget -chttp://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip 1>fastqc.o 2>fastqc.e` - 可以看到在该目录下生成了压缩包: fastqc_v0.11.5.zip
- 直接对其进行解压缩：
unzip fastqc_v0.11.5.zip - 可以看到在FastQC目录下生成一个FastQC目录（还包括其他两个文件 fastqc.e， fastqc.o，和 一个压缩包fastqc_v0.11.5.zip）
- 查看FastQC目录下所有内容：
ll FastQC - 可以看到~/FastQC.dir/FastQC目录下的fastqc文件的权限中没有执行权限
- 于是，赋予fastqc文件执行权限：
chmod 777 ~/FastQC.dir/FastQC - 查看是否赋予成功：
ll fastqc(含有x表示可以执行) - 加入环境变量（将fastqc文件所在路径加入到可执行文件的路径中，可执行文件路径为~/.bashrc）,命令如下：
echo 'export PATH=~/FastQC.dir/FastQC' >>~/.bashrc - 加载修改后的设置使得=之生效：
source ~/.bashrc - 运行fastqc软件即可
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