Fastqc安装运行（jdk安装）

FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，其官网为：Babraham Bioinformatics - FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data

一、安装java环境：

基于root权限才能安装，以centos为例：

mkdir /usr/local/java
wget https://repo.huaweicloud.com/java/jdk/10.0.1+10/jdk-10.0.1_linux-x64_bin.tar.gz
tar -vxf /jdk-8u172-linux-x64.tar.gz -C /usr/local/java/
cd /usr/local/java
vim /etc/profile
#末尾加上如下几行
export JAVA_HOME=/usr/local/java/jdk-10.0.1
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/tools.jar:$JAVA_HOME/lib/dt.jar
##
source /etc/profile
java -version

问题一:JDK包下载地址：前往Oracle官网下载JDK8的安装包。
链接：https://www.oracle.com/java/technologies/javase/javase-jdk8-downloads.htm

##需要账号，网上可以找到账号，但是下载速度慢，进不去

国内镜像：

清华：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/AdoptOpenJDK/

HUAWEI镜像：​​​​​​https://repo.huaweicloud.com/java/jdk/

问题二：解压

参数 -xvf

接压缩包的绝对路径

问题三：创建脚本文件：

cd /etc
cp profile profile.bak
vim profile

问题四：创建好环境变量后仍然不能执行java

生效环境变量时应加绝对路径（/下）

二、fastqc安装:

wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip

unzip /fastqc_v0.11.7.zip -d /usr/loccal/ -d /usr/local/
##unzip 保存到指定文件 -d

vim /etc/profile

##加上    export PATH=/usr/local/FastQc:$PATH

source /etc/profile

fastqc -h

问题一：生效环境变量后仍然无法执行fastqc -h

打开FastQc：

没有执行权限，chmod加x，可执行权限

chmod +x /usr/local/java/FastQC/fastqc

 

 再运行fastqc -h即可运行

三、fastqc评价测试数据质量

以下测试来源于服务器：

fastqc /disk1/shares/Seqs/Akle_TTAGGC_L004_R2_001.fastq.gz -o ~
##原始数据在/disk1/shares/Seqs/下，指定保存目录 -o 到~