阅读笔记13：Metabolic patterns in porcine oocytes during maturation

作者：Ming Gao 1†, Minjian Chen 2†, Qiuzhen Chen3†, Shuai Zhu3, Hengjie Wang3, Weizheng Yang3,XiWang3*, Qiang Wang3* and Ling Gu1*

发表期刊：Frontiers in Endocrinology

发表时间：01 February 2023

摘要

研究背景

优化的代谢控制是卵母细胞发育的前提条件。迄今为止，大量研究主要集中在卵母细胞对外源底物的利用上，而对于在减数分裂成熟过程中内在调控机制的了解则较少。

研究目标

本研究通过集成代谢组学和转录组学的并行分析，旨在描绘猪卵母细胞成熟过程中全局代谢模式的动态变化。

研究内容

在三个不同时间点分离猪卵母细胞，共同绘制成熟过程中代谢模式的全局图景。

研究结果

特别地，研究识别了猪卵母细胞减数分裂过程中的新代谢特征，例如胆汁酸的降低、活跃的碳单元代谢和核苷酸代谢的逐步下降。

研究意义

本研究不仅提供了一个全面的多组学数据资源，也可能有助于发现能够预测和改善卵母细胞质量的分子生物标志物。

引言

研究问题

卵母细胞质量与减数分裂过程紧密相关，是限制女性生育能力的关键因素。

国内外研究现状

在大多数哺乳动物中，卵母细胞在胎儿发育期间开始减数分裂的早期阶段，并在出生时停滞在第一次减数分裂前期的双线期。在青春期，在内源性LH激增的刺激下，完全成熟的卵母细胞重新开始减数分裂，特征是胚胎泡的破裂。伴随着纺锤体的组织和染色体的排列，卵母细胞经历第一次减数分裂并在第二次减数分裂的中期暂停，直到受精发生。从胚胎泡到第二次减数分裂中期的过程称为“卵母细胞成熟”，它涉及复杂的核和细胞质变化的整合，这些变化是成功受精和随后胚胎发展的前提。在卵母细胞减数分裂成熟过程中，多种代谢物和与代谢相关的酶经历精确程序化的变化，对多个细胞事件起着关键作用。卵母细胞质量反映了卵母细胞的内在发展潜力，但是构成卵母细胞质量的因素或其控制机制仍需进一步研究。

目前研究的局限

尽管已有大量研究努力关注外源性营养素的效应，但是对内源性代谢物和代谢酶对卵发生的内在控制关注不足。

本文的研究目标

本研究通过动态UPLC/MS基础的代谢组学分析，获取猪卵母细胞在减数分裂成熟过程中的代谢组特征。同时，采用转录组分析加强代谢组数据，共同描述猪卵母细胞成熟过程中的代谢模式的特征。

研究内容

本研究提供了一个全面的多组学数据资源，并为预测卵母细胞质量的生物标志物的发现奠定了理论基础。

研究方法内容解读

数据采集

采集方法

实验中卵母细胞的收集与培养是通过从当地屠宰场获取未成熟母猪的卵巢，并将其在2小时内运送至实验室，在富含800 IU/mL庆大霉素的预热生理盐水中进行运输。然后通过20号针头抽吸直径为3-5毫米的卵泡内容物。

建库手段

选择具有均匀颗粒状细胞质的成熟卵母细胞，周围至少有三层紧凑的卵丘细胞围绕。然后将卵母细胞复合体（COCs）在成熟培养基中洗涤三次，培养基是基于TCM199并补充了10%的猪卵泡液等多种成分。

组学数据

卵母细胞经过体外成熟（IVM）后，进行了代谢组和转录组分析。

样本分组和样本量

代谢组学分析中，每个阶段（0小时、22小时、46小时）有5个重复，每个样本包含400个卵母细胞。转录组学分析中，每个阶段也有4个重复，但每个样本包含20个卵母细胞。

生物信息学数据分析方法

统计方法和软件

代谢物通过高效液相色谱-质谱联用（UPLC/MS）进行分析，使用UltiMate3000色谱系统和Q-Exactive质谱。转录组学数据通过SMART-Seq2方法进行扩增，之后进行cDNA合成和图书馆制备，并在Illumina Hiseq平台上进行PE150测序。

显著性阈值

t检验（p < 0.05）结合变量重要性投影（VIP）分析（VIP >1.00）被认为具有统计学意义。

技术

分析使用了多种软件，包括“R”（V2.15）进行所有统计分析，SIMCA-P软件（V14.0）进行正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA），以及使用KEGG Mapper（V4.1）（https://www.genome.jp/kegg/）识别代谢途径信息。

可能选择这些方法的原因

• 代谢组学分析：通过UPLC/MS技术可以精确地鉴定和量化小分子代谢物，这有助于理解卵母细胞成熟过程中的代谢变化。
• 转录组学分析：SMART-Seq2方法可以获得单细胞水平的转录组数据，有助于揭示卵母细胞成熟过程中