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抗体设计
文章平均质量分 89
XANTAR____RES
这个作者很懒,什么都没留下…
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ProtSeed | 蛋白的序列结构的等变co-design
在模型训练之前,蛋白质被表示为一个三元组,即residue的one-hot编码、α碳原子的3D坐标,以及frame orientation(就是局部坐标系),然后基于给定的context features,比如残基的一些特性,残基对之间的关系等等,就可以开始使用模型来处理这些信息,设计新的蛋白质。接下来就是本文的关键,本文提出名叫trigonometry-aware context encoder和joint sequence-structure decoder。原创 2024-01-20 10:43:23 · 878 阅读 · 0 评论 -
ATSE | 基于GNN和attention机制的肽毒性预测
首先,使用1-D Weisfeiler-Lehman算法(1-WL)为各点做label,具体操作是:在第0轮,先给各点和边初始化label值,然后每一轮根据上轮的点和边的label更新次轮的点label,然后根据边连接的两点更新边label,可结合下图理解,然后,通过word embedding将得到的输出编码成矩阵Xn,m,n即点个数,并输入到GNN layer中,经过k层GNN layer(如下图,Wgnn为权重矩阵,A为邻接矩阵),输出学习到结构信息的矩阵X。本文根据模型任务构建了新的数据集。原创 2023-10-05 09:46:05 · 150 阅读 · 0 评论