【Pandas】优化读取文件内存占用过大的问题

编写于2022.11.6

1、内存占用计算

做了个小实验，发现pandas读取文件时，内存占用是真的高：

import sys

# 源文件大小：12957KB，12.6MB
file = r"G:\test.csv"

df = pd.read_csv(file, encoding='utf-8')
print(str(sys.getsizeof(df)/1024/1024)+' MB')
# 180.20847511291504 MB

# 作为对比
with open(file, "r", encoding='utf-8') as f:
    data = f.readlines()
# 注意list的实际内存占用计算方式
print(str((sys.getsizeof(data[0])*len(data) + sys.getsizeof(data))/1024/1024)+' MB')
# 41.51472091674805 MB

其它查看DataFrame内存占用的方式：

方式一：df.info(memory_usage=‘deep’)，查看完整信息

方式二：df.memory_usage(deep=True).sum()，只查看内存占用（推荐）

方式三：sys.getsizeof(df)

可以很清楚的看到这两种读取方式在内存占用上的巨大差距，同时我还观察到，将文件更改为xls格式时（38.1M），用pandas来读取占用的内存也几乎一样大：180.2985897064209 MB。

原因应该是保存的内容相同，所以占用空间相同。

同时，我还测试了同样的数据，用python的数据类型和pandas的DataFrame来表示时的内存占用大小：

data = {'name': "张三", "age": 18, "sex": "男"}
print(str(sys.getsizeof(data))+' Bytes')
# 240 Bytes

df = pd.DataFrame(data, index=[0])
print(str(sys.getsizeof(df))+' Bytes')
# 210 Bytes

data = [1,2,3,4,5]
print(str(sys.getsizeof(data))+' Bytes')
# 104 Bytes

df = pd.DataFrame(data)
print(str(sys.getsizeof(df))+' Bytes')
# 192 Bytes

观察发现：
（1）在字典上，python占用内存更高（python字典占用内存是有名的高啊）；
（2）在列表上，pandas占用内存更高。

言归正传，回到文件读取上，我有这么几个疑问：
1.为什么Pandas 读取文件这么占内存？
2.如何优化pandas的内存占用过大的问题？

2、为什么Pandas 读取文件这么占内存？

原因：
pandas的读取数据时的处理机制默认会按照最大的规格去设置数据类型，如int64

pandas数据格式总的说有三类：数字，类别，时间。
数字类型数据的具体格式有：int,float64…
类别类型数据的格式是object，也就是字符串，不可相加减。
时间类型数据的格式主要是datetime[ns]。

解决办法：
人工替换每列的数据类型，查看数据类型转换

3、如何优化pandas的内存占用过大的问题？

（1）已读取的数据进行类型转换

pandas读取时，遇到无法自动甄别的数据类型，会读取为****object类型，通过观察和手动更改object类型为最优的数据类型，将会大大减少内存占用。

参考：https://blog.csdn.net/m0_47384542/article/details/109742814

几种常见的转换：

• pd.to_numeric()：提取数字型
• pd.to_datetime()：提取日期格式数据
• df.astype(‘category’)：字符转换为维度数据
• df.astype(‘bool’)：转换为布尔数据

# 替换某列
# 方式一
df['A'] = df['A'].astype("int", errors="raise")
# 方式二
df['A'] = pd.to_numeric(df['A'], errors="coerce")

# 全部替换
df = df.apply(pd.to_numeric, errors='coerce') # 把能转换成数字的都转换成数字，不
# 21.022361755371094 MB， 新的内存占用

注意：astype()方法存在着一些局限性，只要待转换的数据中存在非数字以外的字符，在使用astype()方法进行类型转换时就会出现错误（**errors=‘raise’**会抛出错误，**errors=‘ignore’**当出现错误时会忽略该列的转换），而to_numeric()函数的可以解决了这个问题（**errors=‘coerce’**当出现错误时会替换为NAN，此时某列中有无法甄别的字段，该列都会变成float64）。

更近一步的，可以将pandas的数据类型继续细化为numpy的数据类型：

dtypes	范围下限（含）	范围上限（含）
unit8	0	255
unit16	0	65535
unit16	0	65535
int8	-128	127
int16	-32768	32767
int32	-2147483648	2147483647
int64	–9,223,372,036,854,775,808	9,223,372,036,854,775,807

子类型转换函数：

def reduce_mem_usage(df, verbose=True):
    numerics = ['int16', 'int32', 'int64', 'float16', 'float32', 'float64']
    # 计算当前占用的内存 
    start_mem = df.memory_usage(deep=True).sum() / 1024**2
    # 循环每一列
    for col in df.columns:
        # 获取每一列的数据类型
        col_type = df[col].dtypes
        # 如果数据类型属于上面定义的类型之
        if col_type in numerics:
            # 计算该列数据的最小值和最大值 用于我们指定相应的数据类型 
            c_min = df[col].min()
            c_max = df[col].max()

            # 如果 该列的数据类型属于 int 类型，然后进行判断
            if str(col_type)[:3] == 'int':
                # 如果 该列最小的值 大于int8类型的最小值，并且最大值小于int8类型的最大值，则采用int8类型 
                if c_min > np.iinfo(np.int8).min and c_max < np.iinfo(np.int8).max:
                    df[col] = df[col].astype(np.int8)

                # 同上
                elif c_min > np.iinfo(np.int16).min and c_max < np.iinfo(np.int16).max:
                    df[col] = df[col].astype(np.int16)

                # 同上
                elif c_min > np.iinfo(np.int32).min and c_max < np.iinfo(np.int32).max:
                    df[col] = df[col].astype(np.int32)

                # 同上
                elif c_min > np.iinfo(np.int64).min and c_max < np.iinfo(np.int64).max:
                    df[col] = df[col].astype(np.int64)

            # 否则 则采用 float 的处理方法       
            else:

                if c_min > np.finfo(np.float32).min and c_max < np.finfo(np.float32).max:
                    df[col] = df[col].astype(np.float32)

                else:
                    df[col] = df[col].astype(np.float64)

    end_mem = df.memory_usage(deep=True).sum() / 1024**2

    if verbose: print('Mem. usage decreased to {:5.2f} Mb ({:.1f}% reduction)'.format(end_mem, 100 * (start_mem - end_mem) / start_mem))
    return df

df = reduce_mem_usage(df, verbose=True)
print(str(sys.getsizeof(df)/1024/1024)+' MB')
# 18.629207611083984 MB

经过上述操作，pandas读取文件后占用的的内存从180M减少到18M，内存占用减少了90%！有效！

参考：https://blog.csdn.net/weixin_44510615/article/details/115801785

（2）在读取时指定数据类型（推荐）

参考：https://blog.csdn.net/cainiao_python/article/details/119950400

首先，我们可将每一列的最佳类型存储在一个词典中，其中键值表示列名称，首先移除日期列，因为日期列需要不同的处理方式。

column_types = {'A'：'category','B'：'bool','C'：'object',.....}

df = pd.read_csv('tests.csv',
                 dtype=column_types,
                 parse_dates=['date'],
                 infer_datetime_format=True)

此时，一步到位了！然后可进一步的进行上述的子类型转换，进一步减少内存占用。

4、总结

pandas读取文件占用内存多主要是没有准确识别每一列的数据类型，采用了object进行存储，所有的优化办法都是围绕数据类型转换进行的：一是在读取时指定最佳的数据类型，二是在读取后进行数据转换；更进一步的的优化操作有：（1）将数值向下转换为更高效的类型；（2）将字符串列转换为categorical类型。