R 语言 ggplot2 scale__()函数

最新推荐文章于 2023-11-28 08:41:34 发布

xiangyong58

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分类专栏： R Data Mining 文章标签： r语言

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1. ggplot中的scale__()函数

借助代码：

help(package = "ggplot2")

获取ggolot2中的所有函数名称，检索到scale_*_*，可以看到有近百个函数，总结下来，可以分为几个大类，分别是：

scale_alpha_*() 【设置透明度】
scale_color_*() 或 scale_colour_*() 【设置边框/散点颜色】
scale_fill_*（) 【设置填充颜色和图例相关内容】
scale_linetype_*() 【设置线条样式】
scale_shape_*() 【设置散点样式】
scale_size_*() 【设置散点/文本大小】
scale_radius_*() 【设置散点半径大小】
scale_x_*() 【设置横坐标相关参数】
scale_y_*() 【设置纵坐标相关参数】

其中，alpha, size, radius语法较为相似，linetype, shape较为相似，color, fill较为相似，x, y较为相似，因此主要分为以下四个部分学习

1. alpha, size, radius，

2. linetype, shape

3. color, fill

4. scale_x_*() 和 scale_y_*()

5. scale_*_manual()

介绍性质，参考网址 https://zhuanlan.zhihu.com/p/102520133

2.颜色标尺设置

2.1 连续型颜色标尺

当前版本的ggplot2提供了13个填充色设置的标尺函数（线条颜色也一样）：

> ls("package:ggplot2", pattern = "^scale_fill.+")
[1] "scale_fill_brewer" "scale_fill_continuous" "scale_fill_date"
[4] "scale_fill_datetime" "scale_fill_discrete" "scale_fill_distiller"
[7] "scale_fill_gradient" "scale_fill_gradient2" "scale_fill_gradientn"
[10] "scale_fill_grey" "scale_fill_hue" "scale_fill_identity"
[13] "scale_fill_manual"

先看看“continuous”的用法。对于数据为非因子型的填充色映射，ggplot2自动使用“continuous”类型颜色标尺表示连续颜色空间。如果要修改默认颜色就要使用scale_fill_continuous函数进行修改，这个函数最有用的参数是low和high，分别表示低端和高端数据的颜色，中间颜色根据颜色空间space自动计算：

theme_set(theme_bw())

df <- expand.grid(1:30, 1:30)

colnames(df) <- c("x", "y")

df$z <- rnorm(900)

p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y, fill = z))

p + geom_raster()

p + geom_raster() + scale_fill_continuous(low = "darkgreen", high = "orangered", space = "rgb")

颜色可以使用预设颜色名称，也可以使用十六进制表示。颜色空间可以是rgb或Lab，两者差别还比较大(rgb已经弃用)：

p + geom_raster() + scale_fill_continuous(low = "#000099", high = "#FF0000", space = "rgb")
p + geom_raster() + scale_fill_continuous(low = "#000099", high = "#FF0000", space = "Lab")

连续填充色设置函数还有scale_fill_gradient，scale_fill_gradient2和 scale_fill_gradientn，其中scale_fill_gradient的用法和作用和scale_fill_continuous完全相同（其实ggplot2早期版本连续颜色标尺默认使用scale_fill_gradient，没有scale_fill_continuous函数；后者可能是H.W头脑清楚以后加进去的，相当于前者的别名）。scale_fill_gradient2增加了中间点和中间颜色的设置,效果相当不错：

p + geom_raster() + scale_fill_gradient2(low = "darkgreen", high = "red", mid = "yellow")
p + geom_raster() + scale_fill_gradient2(low = "darkgreen", high = "red", mid = "yellow", midpoint = 1)

而scale_fill_gradientn可以使用colours参数设置多个中间颜色，配合其它颜色参数函数使用也很不错：

p + geom_raster() + scale_fill_gradientn(colours = c("blue", "green", "yellow", "red"))
p + geom_raster() + scale_fill_gradientn(colours = terrain.colors(100))

注意参数名称为colours，不是colors，米国人民可能不习惯，不过问题不大。

2.2 离散（间断）型颜色标尺

如果数据是因子型的颜色映射，颜色标尺则是离散型的，修改标尺需要使用相应的离散型颜色标尺如scale_color_discrete或scale_color_hue。这两个函数只是别名函数，早期版本只有scale_color_hue。它们通过设置色调范围（h）、饱和度（c）和亮度（l）获取颜色，不太容易掌握：

set.seed(100)
dt <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 500), ]
p <- ggplot(data = dt, aes(x = carat, y = price, color = cut))
p + geom_point() + scale_color_discrete()
p + geom_point() + scale_color_discrete(h = c(150, 350), c = 100, l = 60)

注意：因为映射是color，所以标尺设置也得相应用scale_color而不是scale_fill。
scale_color_discrete或scale_color_hue设置颜色不是很直观，如果想要啥来啥，那就用manual类型函数：

p + geom_point() + scale_color_manual(values = c("blue", "cyan", "yellow", "orange", "red"))
p + geom_point() + scale_color_manual(values = rainbow(5))

grey灰度标尺函数是设置离散型颜色的另外一类函数，用法很简单。

p + geom_point() + scale_color_grey(start = 0, end = 0.8)

brewer类型函数则可以直接使用RColorBrewer包预定义的一些调色板，那些调色板最多能设置8-11种颜色不等，如果超过最大颜色数就不合适了。

x <- sample(LETTERS, 13)
y <- 1:13 qplot(x = x, y = y, fill = x, geom = "bar") + scale_fill_brewer(palette = "YlOrRd")
x <- x[1:8] y = y[1:8] qplot(x = x, y = y, fill = x, geom = "bar") + scale_fill_brewer(palette = "YlOrRd")

Palettes 在包 RColorBrewer 中 - 运行 display.brewer.all() 可以看到所有的选择：

有 3 类调色板（palettes）- sequential，diverging，和 qualitative - 每一类调色板包含 8 到 12 种颜色（可以利用 brewer.pal.info 或者 ?RColorBrewer 看到更多的细节）。

好奇的读者可能注意到如果柱状图包含 13 或者更多的柱子，我们可能会有下面的图中的麻烦：

ggplot(mtcars) + 
  geom_bar(aes(factor(hp), fill=factor(hp))) +
  scale_fill_brewer(palette="Set2")

与其去记那些调色板名称，还不如用manual可以设置自己需要的颜色（可参考本博客的文章《R语言进阶之一：颜色设置》）。
查看scale_fill_gradientn等函数的说明发现很多用于连续颜色设置的函数都有palette参数选项，似乎连续型和离散型颜色在函数上没有严格区别，但实际使用时会出错，或许这些功能只是H.W做的TODO list。

2.3.Viridis color palettes

viridis提供了五种色带：

viridis：option D，为默认色带，翠绿色；
magma：option A，岩溶色；
inferno：option B，火焰色；
plasma： option C，血色；
cividis： option E;

library(ggplot2)
# Gradient color
ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width))+
  geom_point(aes(color = Sepal.Length)) +
  scale_color_viridis(option = "D")+
  theme_minimal() +
  theme(legend.position = "bottom")

# Discrete color. use the argument discrete = TRUE
ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width))+
  geom_point(aes(color = Species)) +
  geom_smooth(aes(color = Species, fill = Species), method = "lm") + 
  scale_color_viridis(discrete = TRUE, option = "D")+
  scale_fill_viridis(discrete = TRUE) +
  theme_minimal() +
  theme(legend.position = "bottom")

参考：

1. https://openbiox.github.io/Cookbook-for-R-Chinese/ggplot2.html Cookbook for R 中文版

2. https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/docs/Rbook/html/_Rbook/ggplotvis.html ggplot的各种图形（更详细推荐）