R学习笔记
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垚垚爸爱学习
高校青椒,奶爸一枚,中年转行,生信老白,从零学起。
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RNA-seq流程学习笔记(18)- Heatmap图
利用R包进行heatmap绘图,包括基因集的提取、格式转换,FPKM值提取、保存,热图的绘制等原创 2022-11-27 09:31:38 · 1514 阅读 · 1 评论 -
R中常用函数使用说明——持续更新
参考文章:(参见各标题链接)老菜鸟最近进入了R的学习中,看的书籍用不上,使用时候还得满网到处去搜集各种说明,唉,累啊,写个R中各种命令的说明,方便自己查找学习吧。1. 提取不同列的内容组成新变量——常用于分组信息的设置#提取指定列的内容#对数据中的Gene.ID和FPKM两列数据进行提取m3108.FPKM <- m3108.gene.tab[,c(1,8)]2. 重命名指定列名#重命名全部的列names(data) <- c("NO","name")#重命名单个列col原创 2020-09-22 16:22:45 · 4717 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq流程学习笔记(15)-使用DESeq2进行差异基因分析
参考文章:转录组入门7-用DESeq2进行差异表达分析Analyzing RNA-seq data with DESeq21.关于DESeq2的概述A basic task in the analysis of count data from RNA-seq is the detection of differentially expressed genes. The count data are presented as a table which reports, for each sample原创 2020-06-23 14:15:54 · 33291 阅读 · 13 评论 -
RNA-seq流程学习笔记(14)-在windows10平台上利用R包合并表达矩阵、设置实验分组信息、列名及数据的导入导出
(base) zexing@DNA:~/projects/zhaoxiujuan/aligned$ wc -l *.count 24426 m3108.count 24426 m3110.count 24426 m3111.count 24426 m3112.count 24426 m3113.count 24426 m3114.count 24426 msh1.count 24426 msh2.count 24426 Scr.count 219834 total(原创 2020-06-16 16:07:53 · 3946 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq流程学习笔记(13)-Bioconductor相关软件的安装(持续更新)
参考文章:因为我的服务器没有外网的原因,尝试了对R设置清华镜像源,可以下载R相关的包,但生物信息学分析会用到很多Bioconductor的软件,需要使用BiocManager软件,试了几次发现服务器中无法安装BiocManager软件,或者使用conda安装了后,在R中无法调用。清华镜像源也提供了Bioconductor的镜像源,说明如下:Bioconductor 镜像源配置文件之一是 .Rprofile (linux 下位于 ~/.Rprofile )。在文末添加如下语句:options(BioC原创 2020-06-11 15:22:34 · 2668 阅读 · 1 评论 -
RNA-seq流程学习笔记(12)-R包的相关操作及国内镜像源的设置
参考文章:4种R包安装方式R语言包相关命令setRepositoriesR install.packages() 设置国内CRAN镜像清华大学开源软件镜像站R语言-默认镜像设置R包安装及设置镜像对于生信老菜鸟来说,学习R语言还真是挺困难的,就像同事说的,R的知识看起来零零散散,怪我自己还没学好R语言入门的书籍。万事开头难啊,硬着头皮上吧。对于RNA-seq流程中,前期数据处理应该对.count文件进行处理,目前所知有三个软件可以使用:DESeq2、edgeR和ballgown。这三个软件好原创 2020-06-11 15:04:53 · 3188 阅读 · 0 评论