参考文章:
R语言4种R包安装方式
因为我的服务器没有外网的原因,尝试了对R设置清华镜像源,可以下载R相关的包,但生物信息学分析会用到很多Bioconductor的软件,需要使用BiocManager软件,试了几次发现服务器中无法安装BiocManager软件,或者使用conda安装了后,在R中无法调用。清华镜像源也提供了Bioconductor的镜像源,说明如下:
Bioconductor 镜像源配置文件之一是 .Rprofile (linux 下位于 ~/.Rprofile )。
在文末添加如下语句:
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
打开R即可使用该 Bioconductor 镜像源安装 Bioconductor 软件包。
操作中发现,找不到~/.Rprofile文件,而如果更换了清华bioconductor的镜像地址,也无法下载软件。查看他们官网搜索相关软件,发现网站被金枪鱼吃掉了,唉,看来是镜像出问题了。
放弃在服务器中继续后边的操作,改在自己windows 10系统的WSL子系统,进行后续学习。
1.WSL子系统的R中安装BiocManager软件安装
关于R中安装包的方式,可以参考文章:RNA-seq流程学习笔记(12)
采用联网直接安装,操作记录如下:
> install.packages("BiocManager")
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Secure CRAN mirrors
1: 0-Cloud [https]
2: Australia (Canberra)