Linux学习笔记
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垚垚爸爱学习
高校青椒,奶爸一枚,中年转行,生信老白,从零学起。
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批量下载NCBI各种数据的方法集合
NCBI批量下载数据,省时又省力ncbi-api 1.0NCBI Genome Downloading ScriptsNCBI accession download script原创 2021-07-16 16:42:30 · 3876 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq流程学习笔记(16)-Linux系统下完整流程代码
1.关于准备工作2.3.FastQC流程代码4.Hisat2流程代码#! /bin/bash#上面一行宣告这个script的语法使用bash语法,当程序被执行时,能够载入bash的相关环境配置文件。# Program:# This program is used for aligning of RNA-seq data.#History:# 2020/06/19 zexing First release#对变量${i}利用 for $原创 2020-07-07 15:59:43 · 4097 阅读 · 2 评论 -
RNA-seq流程学习笔记(11)-在Linux系统上使用Miniconda3安装R3.6.3
(R4.0) zexing@DNA:~$ conda search rstudioLoading channels: done# Name Version Build Channelrstudio 1.0.44 0 pkgs/rrstudio 1.0.136 1 pkgs/rrstudio原创 2020-06-09 16:33:14 · 1370 阅读 · 0 评论 -
Linux学习笔记-学习shell脚本的使用(持续更新)
参考文章:鸟哥的Linux私房菜基础学习篇1.shell script介绍shell script 是利用 shell 的功能所写的一个“程序 (program)”,这个程序是使用纯文本文件,将一些 shell 的语法与指令(含外部指令)写在里面, 搭配正则表达式、管线命令与数据流重导向等功能,以达到我们所想要的处理目的。简单的说, shell script 就像是早期 DOS 年代的批处理文件 (.bat),最简单的功能就是将许多指令汇整写在一起, 让使用者很轻易的就能够 one touch 的方原创 2020-06-04 10:43:25 · 1416 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq流程学习笔记(6)使用md5sum检验下载数据的完整性
Usage: md5sum [OPTION]... [FILE]...Print or check MD5 (128-bit) checksums.With no FILE, or when FILE is -, read standard input. -b, --binary read in binary mode -c, --check read MD5 sums from the FILEs and check them --tag原创 2020-06-01 11:06:33 · 3942 阅读 · 0 评论 -
Linux学习笔记-Windows10系统下的Ubuntu子系统(WSL)(双系统)学习笔记——持续更新
(base)xiaomotong@DESKTOP-H0I11L9:~$ cd /mnt(base) xiaomotong@DESKTOP-H0I11L9:/mnt$ lltotal 0drwxr-xr-x 1 root root 512 May 26 17:28 ./drwxr-xr-x 1 root root 512 May 23 18:15 ../drwxrwxrwx 1 xiaomotong xiaomotong 512 May 26 1原创 2020-05-28 14:46:40 · 2980 阅读 · 0 评论 -
Linux学习笔记-Ubuntu系统中环境变量的定义及添加方法
参考文章:Linux下查看和添加PATH环境变量Linux中环境变量的设置Linux操作系统下三种配置环境变量的方法Linux 添加环境变量的五种方法原创 2020-05-26 15:39:48 · 2009 阅读 · 0 评论 -
Linux学习笔记-Anaconda学习笔记-Anaconda 设置清华镜像源
本文参考Anaconda查看、删除、增加channel 几篇文章,学习对Anaconda中Channel的设置等方法。查看channel的方法:原创 2020-05-18 10:31:51 · 2546 阅读 · 2 评论