操作记录
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垚垚爸爱学习
高校青椒,奶爸一枚,中年转行,生信老白,从零学起。
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操作记录-2022-09-12: xieruyu_project
鸡的转录基因组分析原创 2022-09-12 10:27:09 · 670 阅读 · 0 评论 -
xindi-2022-08-23数据分析记录
RNA-Seq测序检测不同RNA的种类、数量和比例原创 2022-08-24 12:54:20 · 457 阅读 · 0 评论 -
xindi数据分析记录
1、 使用FastQC软件对数据进行质控检测fastqc -t 16 -o ${dir}/fastqc_report/ ${dir}/clean_data/*.fq.gz2、 使用Trim Galore软件对三组数据进行质控,去掉20bp以下的reads1.对HeLa细胞数据进行处理trim_galore -q 20 --phred33 --stringency 3 --length 20 -e 0.1 -j 16 --paired /Data/lizexing/projects/xindi/Da原创 2022-03-05 11:15:02 · 767 阅读 · 0 评论 -
2021-08-04
Ribosome RNA数据库下载:https://www.arb-silva.de/did you try sortMeRNA? The input are reads in fastq file + rRNA sequences. The tool will extract those reads that do not match to the rRNA sequences, so by quantifying how many reads you’re left with, you should原创 2021-08-25 15:01:39 · 1871 阅读 · 1 评论 -
2021-07-14:sunruiqi_RNA_seq
今天准备尝试编写一组精简代码用于处理RNA_seq数据,希望能成功吧。1.建立相应目录对新数据建立对应实验人员(sunruiqi)、测序类型(RNA_seq)和日期(2021_07_14)的目录。# 建立后如下:(base) zexing@bio:~/projects/sunruiqi/RNA_seq/2021_07_14$# 新建对应的目录mkdir raw_data clean_data ballgown bam bam_sort sam fastqc_report GSEA MD5_tx原创 2021-07-15 11:43:42 · 485 阅读 · 0 评论 -
联合分析操作记录-2021-05-14: sunxiaoyu_project
一、ChIP_seq 数据加工处理1.建立相应目录对新数据建立对应实验人员(sunxiaoyu)、测序类型(ChIP_seq)和日期(2021_05_14)的目录。# 建立后如下:(base) zexing@DNA:~/projects/sunxiaoyu/ChIP_seq/2021_05_14$# 新建对应的目录mkdir raw_data clean_data bam bam_bw bam_sort sam macs2_bdgdiff macs2_callpeak matrix_refer原创 2021-05-14 20:53:17 · 463 阅读 · 0 评论 -
联合分析操作记录-2021-05-10: zhaoyingying_project
启动相关环境条件Last login: Thu May 6 21:03:39 2021 from 218.68.219.32zexing@DNA:~$ source .bashrc(base) zexing@DNA:~$ cd projects/zhaoyingying/ChIP_seq(base) zexing@DNA:~/projects/zhaoyingying/ChIP_seq$ lltotal 12Kdrwxrwxr-x 3 zexing zexing 4.0K 5月 1 10原创 2021-05-11 17:39:24 · 1133 阅读 · 1 评论 -
操作记录-2021-02-22: kongyu_project
1.建立相应目录对新数据建立对应实验人员(kongyu)、测序类型(RNA_seq)和日期(2021_02_22)的目录。# 建立后如下:(base) zexing@DNA:~/projects/kongyu/RNA_seq/2021_02_22$# 新建对应的目录mkdir raw_data clean_data ballgown bam bam_sort sam fastqc_report GSEA MD5_txt scripts_log2.检查数据完整性(base) zexing@原创 2021-05-10 10:45:22 · 127 阅读 · 0 评论 -
操作记录-2021-05-08: daizhongye_project
一、ChIP_seq 数据加工处理1.建立相应目录对新数据建立对应实验人员(daizhongye)、测序类型(ChIP_seq)和日期(2021_05_08)的目录。# 建立后如下:(base) zexing@DNA:~/projects/daizhongye/ChIP_seq/2021_05_08$# 新建对应的目录mkdir raw_data bam bam_bw bam_sort sam macs2_bdgdiff macs2_callpeak matrix_reference_poin原创 2021-05-09 08:50:18 · 240 阅读 · 0 评论 -
操作记录-2021-03-04: sunxiaoyu_project
检查数据完整性(base) zexing@DNA:~/projects/sunxiaoyu/RNA_seq/2021_03_04$ cat md5.txt > check_md5sum.txt && md5sum -c check_md5sum.txt./clean/sh4A_2_8_2.clean.fq.gz: OK./clean/shP2_2_4_2.clean.fq.gz: OK./clean/shP2_4_2.clean.fq.gz: OK./clean/shKA_1原创 2021-03-15 13:07:23 · 258 阅读 · 1 评论 -
操作记录-2021-03-15: sunxiaoyu_project
1、数据处理记录【1】使用网页另存为将数据文件保存至本地电脑后,上传至服务器中【2】利用SRAtoolkits中的fastq-dump命令,将SRA数据转换为fastq格式#命令如下:(base) zexing@DNA:~/projects/sunxiaoyu/RNA_seq/2021_03_15/clean_data$ fastq-dump --split-e SRR11906971 SRR11906972 SRR11906973 SRR11906974Read 27386449 spots f原创 2021-03-15 10:52:23 · 251 阅读 · 0 评论 -
操作记录-2021-01-07: lizexing_future_project
一.分析之前发表文章(1)1、相关研究样品的背景Study: RNA Sequencing Analysis of Mouse Bone Marrow Derived Dendritic Cells Transcriptomes During MaturationSample: mDC_RNAseq SAMN02981600 • SRS678226 • All experiments • All runsOrganism: Mus musculus2、数据处理记录【1】使用网页另存为将数据文件原创 2021-01-07 11:54:50 · 237 阅读 · 0 评论 -
操作记录-2020-12-21: dongfeng_GAS_project
今天老菜鸟接了实验室一个大活,要帮学生把一个课题结掉,因此需要处理三批次数据。当然了,老菜鸟这些天正在忙一些其他事情,不知道这些事情有了结果后,还会不会再继续这些工作了,暂且记录一下自己目前复杂的心情吧。1. 建立相应目录# 新建对应的目录mkdir raw_data clean_data ballgown bam bam_sort sam fastqc_report GSEA MD5_txt scripts_log2. 检查数据完整性这次将提供的md5.txt中数据提前编辑了一下,修改了样品原创 2021-01-04 16:08:20 · 941 阅读 · 0 评论 -
操作记录-2020-11-13:精简代码处理ChIP_seq数据
今天准备尝试编写一组精简代码用于处理ChIP_seq数据,希望能成功吧。1.建立相应目录对新数据建立对应实验人员(lizexing)、测序类型(ChIP_seq)和日期(2020_11_13)的目录。# 建立后如下:(base) zexing@DNA:~/projects/lizexing/ChIP_seq/2020_11_13$# 新建对应的目录mkdir raw_data clean_data bam bam_bw bam_sort sam macs2_bdgdiff macs2_call原创 2020-11-16 11:30:47 · 1999 阅读 · 2 评论 -
操作记录-2020-11-08:精简代码处理RNA_seq数据
今天准备尝试编写一组精简代码用于处理RNA_seq数据,希望能成功吧。1.建立相应目录对新数据建立对应实验人员(lizexing)、测序类型(RNA_seq)和日期(2020_10_20)的目录。# 建立后如下:(base) zexing@DNA:~/projects/lizexing/RNA_seq/2020_11_08$# 新建对应的各级目录mkdir raw_data clean_data ballgown bam bam_sort sam fastqc_report GSEA MD5_原创 2020-11-08 10:01:43 · 2803 阅读 · 0 评论 -
操作记录-2020-11-03:daizhongye_ChIP_seq
1. 检查上传数据的完整性操作记录如下:#将各样品测序结果整理至同一个文件夹#显示各样品的数据的完整性代码(base) zexing@DNA:~/projects/daizhongye/ChIP_seq/2020_10_29$ cat *.txtf06dbfdc620f99f9aea8882c3c1c0701 Scr-S-L-KQ_FKDL202604880-1a_1.clean.fq.gz3047a0aa4febe0c311aa34126e0ed416 Scr-S-L-KQ_FKDL202原创 2020-11-05 16:05:29 · 547 阅读 · 4 评论 -
操作记录-2020-10-30:daizhongye_RNA_seq
隔了一个月又来操作一次,老菜鸟的脑子明显不够用啊。1. 检查上传数据的完整性操作记录如下:#显示各数据的完整性代码(base) zexing@DNA:~/projects/daizhongye/RNA_seq/2020_10_29/MD5_txt$ cat md5.txtefcc57e9ff0bd5c3f4a04dcd01513903 raw/E14_Scr_SL_1.fq.gz657fe81df85e0f3c246c3bcfbc07a4c3 raw/E14_Scr_SL_2.fq.gz5原创 2020-10-30 15:49:52 · 4085 阅读 · 0 评论 -
操作记录-2020-09-27:xiaxianyou_RNA_seq
1. 检查上传数据的完整性操作记录如下:#显示各数据的完整性代码(base) zexing@DNA:~/projects/xiaxianyou/RNA_seq/2020_09_23/cleandata$ cat *.txtea24c0a81c3b146f52180d03fb387f54 s4301_FKDL202588235-1a_1.clean.fq.gz44e7699dc34c62f7947e4288ea1f0f72 s4301_FKDL202588235-1a_2.clean.fq.gz原创 2020-09-27 15:06:54 · 1016 阅读 · 0 评论