ChIP-seq学习笔记
文章平均质量分 70
垚垚爸爱学习
高校青椒,奶爸一枚,中年转行,生信老白,从零学起。
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CHIP-seq流程学习笔记(13)-ATAC_seq 数据加工处理
今天第一次尝试处理ATAC_seq数据,希望能尽快做完吧。先放个找好的参考文章:ATAC-seq/ChIP-seq分析方法1.建立相应目录对新数据建立对应实验人员(zhaoyingying)、测序类型(ATAC_seq)和日期(2021_05_03)的目录。# 建立后如下:(base) zexing@DNA:~/projects/zhaoyingying/ATAC_seq/2021_05_03$# 新建对应的目录mkdir raw_data clean_data bam bam_bw bam原创 2021-05-10 10:37:49 · 1195 阅读 · 1 评论 -
CHIP-seq流程学习笔记(9)-使用IDR 软件对生物学重复样本间的差异peak进行提取
使用IDR软件处理生物学重复样本的peak callingIrreproducible Discovery Rate (IDR)原创 2021-05-10 09:30:17 · 5313 阅读 · 0 评论 -
CHIP-seq流程学习笔记(12)-对特定gene使用bedtools getfasta后,用meme软件进行motif分析
刚写题目时发现,现在的分析应该是RNA-seq与ChIP-seq杂合在一起的分析了,为了省事还接着在这个系列写吧。最近有站友发私信建议说把代码跑出来的结果放上,方便学习。这里说明一下:关于学习笔记我尽量把图片放上来,对于分析的记录,因为涉及到实验室的课题,为了避免不必要的麻烦就不放了,本意这个记录就是自己的试验记录,记录下代码过程,为以后学生发表文章参考。1. 根据gene_list从hg19_genes.gtf文件中提取gene_TSS信息也可以使用biomaRt包进行注释,中间出错尚未解决,有机会再原创 2021-01-13 11:51:48 · 3934 阅读 · 3 评论 -
CHIP-seq流程学习笔记(11)-使用GSEA软件进行GSEA分析
参考文章:GSEA学习笔记老菜鸟做了几次GSEA分析,现在还没完全搞明白,之前写的记录有些杂乱,这里重新整理一下,以便以后学习。1.使用GSEA软件进行绘图需要准备的文件。该分析需要使用三个输入文件,分别是:geneset文件:格式为.gmx,我经常用到的是自定义的,本次记录中使用的是ChIP-seq中鉴定出来的peak所对应的gene。gene表达值文件:格式为.txt,本次用到的是RNA-seq中各样品的表达值FPKM;分组信息:格式为.cls,一般自己制作,对分组、样品信息进行说明。2.原创 2021-01-04 16:02:24 · 1785 阅读 · 0 评论 -
CHIP-seq流程学习笔记(10)-使用intersect()函数提取ChIP-seq和RNA-seq中的共有基因
参考文章:R中常用函数使用说明# 利用intersect函数对RNA_seq和ChIP_seq中的交集gene_symbol进行提取。# 参考文章:https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/80494605?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522160471856319195264746932%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.原创 2020-11-07 22:50:03 · 727 阅读 · 0 评论 -
CHIP-seq流程学习笔记(8)-使用MACS2 bdgdiff提取非生物学重复样本间差异peak进行注释
参考文章:使用MACS2进行差异peak分析重点推荐:Call differential binding eventsMACS2作为使用最广泛的peak calling软件,在v2版本中添加了差异peak分析的功能,它的子命令功能如下:1. 软件说明# 用法说明:usage: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG [-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-原创 2020-11-06 20:13:57 · 8205 阅读 · 5 评论 -
CHIP-seq流程学习笔记(4)-call peak 软件macs2
参考文章:MACS2 Call Peak 参数详细学习1. 软件说明:macs2 callpeak --helpusage: macs2 callpeak -t TFILE # treat组 [-c [CFILE]] # control 或 mock(非特异性抗体,如IgG)组 # control:input DNA,没有经过免疫共沉淀处理;原创 2020-09-22 16:11:08 · 4402 阅读 · 2 评论 -
CHIP-seq流程学习笔记(7)-热图软件 deeptools
5.使用deeptools对结果进行作图deepTools 是一套基于python开发的工具,适用于有效处理分析高通量测序数据,可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。需要在Linux服务器上,使用conda进行安装。deepTools包含许多可用工具,在使用时,需要单独调用它自己的名字。1. 各工具的介绍如下:[ Tools for BAM and bigWig file processing ]multiBamSummary compute read原创 2020-09-22 16:22:02 · 12221 阅读 · 0 评论 -
CHIP-seq流程学习笔记(6)-peak注释软件ChIPseeker
参考文章:Y叔叔公众号我的第一次ChIP-seq实践学习一遍ChIPseeker的使用使用R包ChIPseeker实现对ChIP-seq peaks的注释1. 输入数据的说明作了ChIP-seq试验,经过初步下机处理并比对参考基因组之后,获得了目标蛋白在基因组区域的结合峰位置。接下来就需要对峰位置进行注释,获得这些峰结合在了哪些基因上,位于基因的上下游还是内部,以便了解目标蛋白的功能。对ChIP-seq峰的结合位置进行注释需要使用上面peak calling产生的结果中的bed文件。bed原创 2020-09-22 16:18:03 · 7505 阅读 · 6 评论 -
CHIP-seq流程学习笔记(3)-比对软件 bowtie2
参考文章:我的第一次ChIP-seq实践bowtie2使用手册老菜鸟终于开始进行CHIP-seq的学习啦,又是开始学习新的软件。不过现在感觉没那么头大了,毕竟前边学了一些了。先做些简单的记录吧。1.安装Bowtie2软件安装仍然在服务器中使用miniconda进行安装,参考文章RNA-seq流程学习笔记(3)。2.Bowtie2软件软件的使用1. 软件说明bowtie2 --helpUsage: bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <原创 2020-09-22 16:13:41 · 3284 阅读 · 2 评论