操作记录-2021-01-07: lizexing_future_project

一.分析之前发表文章（1）

1、相关研究样品的背景

Study: RNA Sequencing Analysis of Mouse Bone Marrow Derived Dendritic Cells Transcriptomes During Maturation

Sample: mDC_RNAseq SAMN02981600 • SRS678226 • All experiments • All runs

Organism: Mus musculus

2、数据处理记录
【1】使用网页另存为将数据文件保存至本地电脑后，上传至服务器中
【2】利用SRAtoolkits中的fastq-dump命令，将SRA数据转换为fastq格式

#命令如下：
fastq-dump --split-e SRR1542937.2
fastq-dump --split-e SRR1542938.2

#查看转换后的结果
(base) zexing@DNA:~/projects/lizexing/RNA_seq/2021_01_07/raw_data$ ll
total 5.6G
drwxrwxr-x  2 zexing zexing 4.0K 1月   7 10:20 .
drwxrwxr-x 12 zexing zexing 4.0K 1月   7 09:51 ..
-rw-rw-r--  1 zexing zexing 317M 1月   7 09:39 SRR1542937.2
-rw-rw-r--  1 zexing zexing 2.5G 1月   7 10:16 SRR1542937.2.fastq
-rw-rw-r--  1 zexing zexing 336M 1月   7 09:42 SRR1542938.2
-rw-rw-r--  1 zexing zexing 2.6G 1月   7 10:22 SRR1542938.2.fastq

【3】在Linux服务器中对RNA_seq数据进行处理

vim新建RNA_seq_script将数据质控、比对、格式转换、排序、拼接和定量综

#!/bin/bash
# 上面一行宣告这个script的语法使用bash语法，当程序被执行时，能够载入bash的相关环境配置文件。
# Program
#     This program is used for RNA-seq data analysis.
# History
#     2021/01/07     zexing            First release
# 设置变量${dir}为常用目录
dir=/f/xudonglab/zexing/projects/lizexing/RNA_seq/2021_01_07

# 对数据进行质控
fastqc -t 16 -o ${dir}/fastqc_report/ ${dir}/raw_data/*.fastq

# 利用for循环进行后续操作
for i in SRR1542937.2 SRR1542938.2
do
# 对数据进行比对
hisat2 -t -p